本条目列出爱沙尼亚的城市（爱沙尼亚语：linn）。
爱沙尼亚有两种类型的城市。一种是具有地方政府市镇地位的城市（市镇分两种类型：城市型和乡村型，两者在法律地位上并无差别）。另外一种是非独立市，爱沙尼亚语称为“linn asustusüksusena”，意即作为聚居点单位的城市。这些城市在历史上曾获得过城市权，但在市镇合并后从而隶属某一个城市型或乡村型市镇之下。
此外，市镇之下有的聚居点称为集镇（爱沙尼亚语：alev）和小镇（爱沙尼亚语：alevik）。在中文里这些集镇和小镇可能会跟前面提及的非独立市及甚至城市型市镇统称为城镇。
2015年初时爱沙尼亚有30个具有市镇地位的城市，这些城市的总人口数量为825,515人。2017年爱沙尼亚行政改革后，具有市镇地位的城市数量减少至15个。2018年初时城市的总人口数量为810,433人。
只有最大的城市塔林有超过一万名居民。居民数量在三万至十万之间的城市有四个：塔尔图市、纳尔瓦、派尔努和科赫特拉-耶尔韦。居民数量在一万至三万之间的城市有七个。居民数量少于一万的城市有三个。
2017年时的市镇合并情况:
1 由原塔尔图市和泰赫特韦雷市镇合并而成
2 由原派尔努市、奥德鲁市镇、派库塞市镇和特斯塔马市镇合并而成
3 由原哈普萨卢市和里达拉市镇合并而成
4 由原派德市和罗斯纳-阿利库市镇合并而成
5 由原纳尔瓦约埃苏市和瓦伊瓦拉市镇合并而成
2015年初时爱沙尼亚有17个非独立市（爱沙尼亚语：vallasisene linn，意即乡村型市镇内的城市），它们在市镇合并中成为了一个市镇的一部分。2017年行政改革后爱沙尼亚共有37个非独立市（爱沙尼亚语：linn, asustusüksus，意即作为聚居点单位的城市）。
