爱沙尼亚语言研究院(爱沙尼亚语:Eesti Keele Instituut,简称EKI)是爱沙尼亚官方的语言研究机构,也是爱沙尼亚语的管理机构(英语:List of language regulators),于1993年由爱沙尼亚语言及文学研究所改组而来。其总部位于塔林,现任的研究院主任为特努·田德尔(爱沙尼亚语:Tõnu Tender)。
爱沙尼亚语言研究院的三个主要工作领域包括语言管理、字典编辑及语言科技,其研究的对象包括以前与当代的爱沙尼亚语书写系统(英语:Estonian orthography),以及爱沙尼亚标准语、境内方言、芬兰-乌戈尔语族的姊妹语言等。
语言研究院的历史可以追溯到1947年,当时成立的机构称为语言和文学研究所(爱沙尼亚语:Keele ja Kirjanduse Instituut,KKI)。KKI后来成为EKI下的独立机构,专注于该国的语言政策和语言管理。