结构基因组学（英语：Structural genomics）是基因组学的一个分支。其研究范围包括基因组作图与基因组测序。
著名工程如人类基因组计划等。
基因组作图（英语：mapping），也称染色体作图。是将染色体中的基因之位置线性系统地排列出来。根据技术不同，分为遗传连锁图谱与物理图谱。
遗传连锁图谱（英语：genetic linkage map）使用遗传多态性标记为位点，用遗传学距离为图距作图。
遗传多态性标记指重复序列；遗传学距离指两个位点之间在减数分裂中进行交换或重组的百分率（1%被称作1cM）。
物理图谱（英语：physical map）使用DNA序列上两个“位点”之间实际距离绘图。使用kb（kbp)或mb(mbp)作单位。
基因组测序（英语：sequencing）指测出基因组所有的碱基序列。基因组测序也是物理图谱的一部分。
人类基因组计划就属于基因组测序的工程之一。
