麻豆尪祖庙是位于台南市麻豆区北势里的寺庙。前身为台湾平埔原住民西拉雅族的公廨。经汉化后成为奉祀天门三将军“唐、葛、周”的“三元宫”。主祀大尪祖周府、二尪祖葛府、三尪祖唐府三元真君。2001年重建为今庙，今日庙后建有西拉雅族的公廨。
麻豆区原为西拉雅族四大社之一蔴豆社聚落的范围。自清代以来逐渐成为汉人的聚落，尪祖庙所在的一地也是麻豆地区汉人最早的居住地。日后当地原住民失势，据吴新荣指出或汉化为“熟番”或逃入山势（如六甲、大内、玉井山地），尪祖庙遂为三元宫堂堂镇座，:4汉化成汉人寺庙，成为“三元宫”。据文史工作者田野调查，尪祖庙约创建于清乾隆四十四年（1779年）。据吴新荣与台南县文献会的推论，“三元”之字可能是由“尪”字解体而来。:168汉化后“三元真君”反客为主，坐上三元宫的主位，“尪祖庙”改为“尪祖祠”，置身于三元宫庙后。
尪祖庙曾历经多次重修，包括道光四年（1824年）重修、以及咸丰五年（1855年）、咸丰九年（1859年）、同治十三年（1874年）重建，又在明治四十三年（1910年）、大正四年（1915年）重修。民国后于民国四十一年（1952年）重建，民国五十八年（1969年）重修、民国八十八年（1999年）重建，民国九十年（2001年）腊月十八日入火安座。最新一次重建于2001年。
在汉化后，尪祖庙仍保有许多公廨特征，直到日治时代中期。在2000年对麻豆耆老的口述历史座谈中，据1913年出生的李再传指出，在七十年前（1930年代）时尪祖庙尚有供俸槟榔、一缸清水和一面镜子，但不确定是否拜猪头壳。:90显示出1915年重修后的尪祖庙仍有清水。而据《漫谈麻豆社古今》作者郭再强于民国五十五年（1966年）10月25日对尪祖庙调查原住民的遗迹，内殿除三座神像，仅剩一个圆型神镜，以及外殿所置四角型之镜，未见所置之清水。唯郭再强于是日遇见曾任小学训导的李金炒时，得知其年少时尪祖庙内还置有一大壶清水于桌上，确认尪祖庙曾是平埔族公廨（据吴新荣与郭水潭指出，“熟蕃”祭祀祖先之神主，旁边必有一碗清水，唯后来恐汉人察知，方藏于神主牌后面）。:4
石万寿所著的《台湾的拜壶民族》曾记录1980年代时尪祖庙正殿神桌上，尚供奉槟榔及供向魂休息的三碗清水，神桌下也立有壶、将军柱。然而1990年代刘还月重访此处时已找不到任何祭祀遗迹。:70在2002年出版的《南瀛公廨志》中，作者涂顺从前往当地现场时，已不见石万寿的所载记录，涂顺从推测应在重建中消失。:123
2000年后，于庙后方重建公廨。据公廨祠记，“尪祖祠乃古麻豆社公廨...1988年11月28日庙婆沈蜜女士往生后，阿立祖之供奉被废...2001年三元宫（尪祖庙）重建落成，太祖欲重返祥光祖地之神迹渐显....2007年重建麻豆社公廨，同年9月单间砖造公廨峻成。”:113-114该祠是于2007年6月阿立祖太祖降驾指示重建麻豆公廨，经管理委员会决议重建，于2008年重建完工。重建之初庙方曾请同为麻豆社的番仔田尪姨协助，重建之尪祖祠融合头社及番仔田的风格。:113-114
2019年5月7日，麻豆尪祖庙举办恢复中断69年的西拉雅夜祭，据庙方表示经由蔴豆社后裔迁移过去的官田区隆田隆本复兴宫去年的尪姨“起驾”，蔴豆社阿立祖希降示望麻豆三元宫恢复举办西拉雅夜祭，三元宫慎重其事，与复兴宫商议后，三元宫请示阿立祖，决定5月7日复办阿立祖祭典，复兴宫支援拜猪和牵曲等祭典进行。获隆田复兴宫支援夜祭。
2019年5月举办夜祭时的麻豆尪祖庙
2019年5月夜祭中的麻豆尪祖庙
