海军三长官(かいぐんさんちょうかん)是大日本帝国海军中三个主要干部职位的合称。
日本海军的三长官为以下三个职位的合称
最初军令部的最高职位的军令部长。在1933年(昭和8年)因军令部条例修订及将其权限扩大,军令部长改称为军令部总长。在条例修订其间,身为皇族的军令部长伏见宫博恭王与东乡平八郎并列为元帅,发挥着极大的作用。而伏见宫在山本权兵卫在生时的海军内也有一定分量,在昭和期关于海军方针与最高人事的事情,惯例上需请示伏见宫并得其同意。
海军大臣在传统上为海军的最高指导者,并不像陆军三长官于三长官会议有决定性的作用。这习惯从没改变,而在海军内只容许海军大臣参与政治。