2013年日月光废水污染事件，为2013年10月1日一起发生于台湾高雄市的环境污染事件。2013年12月9日，高雄市政府环境保护局对日月光半导体K7厂因废水污染后劲溪开罚60万元，因事涉半导体大厂及环境保护，引起广大讨论。
镍是世界卫生组织认定的致癌物，人体若食用超量含镍食物，可能引发肺癌、摄护腺癌。后劲溪下游有高雄农田水利会引水口，供应梓官区、桥头区农业用水。倘农业用水遭镍等重金属污染将造成农地也受污染，甚至需要长期休耕。
2013年10月1日上午9点日月光公司委托汉华水处理工程股份有限公司（下称汉华公司）派员至K7厂6楼纯水组更换盐酸储桶管线之止漏垫片，因进行该项工程须关闭管线阀门，并将部分管线内盐酸排出，惟此举将使盐酸储桶所设置感应器误判盐酸量已至低位而自动进行补充程序，又汉华公司员工未及通知K7厂人员停止上述自动补充程式设定，导致施工期间（约半小时）仍不断自动补充盐酸进入封闭桶内，造成约2.4 吨盐酸溢流并循管线流入K7厂废水处理系统之酸碱中和池，以致净水运作反应发生异常，无法依原定程序有效处理废水所含镍、铜等有害人体健康重金属，进而使放流水中镍、铜及悬浮固体（Suspended solids）含量均逾越法定排放标准。
在现场的游姓工程师10点左右发现后异常立刻加大液碱投放量作紧急处理，惟未有效调整pH值至标准范围，并立即电告请病假中的上司刘姓工程师。刘姓工程师接到电话后告知先向纯水组确认有无异常且随即于12:30分回到公司，因游、刘2人皆不具有令K7厂暂时停工的权限，此时仍以加大液碱投放量作为因应手段。游姓工程师于14:00到位于K9厂办公室的蔡姓废水组主任报告K7厂水质异常与处理状况。蔡姓主任知悉后仅交代处理人员尽速抢救，并未给予任何具体指示，故此时仍继续以加大液碱投放量作为因应手段。蔡姓主任于17:00到K11厂向苏姓厂长回报K7厂废水处理系统发生异常、排放不合标准，同时告知放流水pH值已恢复正常且未建议停工，苏姓厂长当场口头指示尽速处理，未进一步主动了解实际处理状况，或谕命K7厂先行停工以减少继续产生废水，导致到20:00前持续排放内含有害事业废弃物之超标废水至后劲溪。
高雄市政府环保局人员于同日14时许巡察后劲溪发现水质异常，循线前往K7厂进行稽查，不料高雄市政府环保局人员察觉采样池内之水质PH值及导电度等数据竟与自来水高度相似，而显与一般工业废水有异，有利用抽水泵将自来水抽到K7厂外采样池掩饰之嫌，遂要求直接进入K7厂房内采取放流池内之废水检验，即见被告刘姓工程师等人不断在最终中和池内添加液碱，意图使放流池内之废水流出而未开启回抽马达，立刻要求不要继续排放，阻止废水排入后劲溪中。
2013年10月1日，高雄市政府环保局人员发现日月光公司排放内含有害事业废弃物之超标废水至后劲溪。
2014年1月3日，高雄地检署起诉苏姓厂长等4人，日月光也以法人身份被起诉，日月光集团董事长张虔生则因称不知情被采信而获不起诉。。
2014年10月20日，台湾高雄地方法院针对刑法190-1条流放毒物之公共危险罪，因检察官并未可提出流放前后之检验比较报告，故判决无罪。针对废弃物清理法46条第一款任意弃置废弃物罪，认定被告苏、蔡、游、刘姓员工因知悉后未有立即停止排放之行为，故判决有罪。
2015年9月29日，台湾高等法院高雄分院认为针对刑法190-1条流放毒物之公共危险罪，维持一审无罪判决。针对废弃物清理法46条第一款任意弃置废弃物罪，盐酸溢流事件乃肇因于汉华公司之疏忽，当发现盐酸有溢流时被告游、刘姓员工知悉后立即投放大量液碱平衡酸碱值，从而不构成任意弃置之处罚要件，故撤销一审判决改判全体被告无罪。针对水污染处理法36条第一项事业无排放许可证或简易排放许可文件，且其排放废水所含之有害健康物质超过放流水标准者之处罚规定，日月光公司为具有排放许可证或简易排放许可文件之公司，因立法疏漏致无法可罚，故判决无罪。本案仍可上诉。
2017年1月6日，台湾最高法院认为二审对检方起诉事证没调查清楚，予以发回更审。。
2017年8月24日，台湾高等法院高雄分院认定苏、蔡、游、刘四名员工因违反废弃物清理法，判处1年6个月到1年10个月的有期徒刑，并另分别给予2到5年的缓刑。
2013年12月11日，高雄市环保局稽查人员前往日月光半导体K5、K7、及K11厂稽查和采样化验，并发现K11厂有未经环保局核准设置于放流槽后方的“备用槽”，这槽可利用管线未经依法设置累计型流量计排放进入后劲溪或纳入污水下水道（陆放）系统内、多增加一处中和池，与许可内容不符，并私接直接将废水排放到外海的管线（海放），限期改善。
日月光公司隔日发表声明，针对K11备用槽部分，未来若有使用，将会依法提出水措内容变更。针对最终中和池数量不符一事，则表示将提供设计图向环保局澄清。
2013年12月13日，高雄地检署检察官在讯问相关人士后，发现K7厂查获的暗管曾在10月5日通外海排放废水。检察官将案号由他字号改为侦字号，扩大查办。
2013年12月14日，检察官传唤日月光公司副总林显堂庭说明，经过大约六个半小时将近晚上19:00左右结束庭讯，认为其涉有流放毒物罪嫌，谕令500万元交保。
2013年12月16日，经济部官员表示K5、K7管线是经过合法申请试车。日月光由于陆放系统施工，9月26日函文高雄市环保局、副本给加工出口区管理处，申请于10月5日循区内污水下道海放事业废水。加工出口区管理处由于一直未接获高雄市环保局驳回的意见，10月5日才让这两个厂（K5、K7）事业废水循区内污水下水道海放至外海。并澄清厂事业废水都需处理符合标准后才可排出，放流到外海前尚有2道关卡确认没问题才会放流到外海。
2014年1月3日，因海放的废水符合放流标准，不构成流放毒物罪，相关人员全部不起诉。
日月光半导体的收盘股价在事件曝光该周由12月9日的29.75元下挫至2013年12月13日的27.65元，迫使大股东透过外资券商大举护盘。因日月光未将多次被高雄市环保局多处以罚锾的讯息输入证交所公开资讯观测站，台湾证券交易所于12月13日处罚日月光违约金新台币20万元。
2014年12月15日，日月光公司高雄K7厂排放废水污染后劲溪遭勒令停工案，高雄市环保局经两次查核，确认日月光已改善完成，同意K7厂复工。
2015年4月8日，日月光公司高雄中水回收厂耗时两年半斥资7.5亿元，第一期开始启用，每日可处理2万吨废水，回收使用水1万吨，解决楠梓园区水源不足以及放流水量增加相关问题，将是国内最大工业废水回收厂。
2018年9月10日，美国道琼斯永续发展指数（DJSI）发布2018年入选结果，台湾有两家被列为产业领导者（Industry Leader）企业，分别是台达电、日月光。其中，日月光是连续第三年荣获“半导体及半导体设备产业”领导者企业，同时也列为DJSI全球与DJSI新兴市场指数成分股。
2013年12月14日，桃园县政府环境保护局人员深夜突击日月光中坜厂，发现晶圆切割机台制程水违法排废水；桃园县环保局下令三部晶圆切割机停机改善，进行封管作业，厂房照常营运。
2013年12月16日环保署长沈世宏表示，一般掌握到的证据所能推算的不法利得都较实际污染所得利益低，将研议推动修改《行政罚法》，将不法利得计算部分增加“惩罚性裁罚”，另加一点一到三倍裁罚。
事件发生后，将水污染防治法36条删除仅限事业无排放许可证或简易排放许可文件之要件，放宽处罚主体为不论是否具备许可证或简易排放许可文件，并于2015年2 月4 日修正公布之相关刑罚规定，以亡羊补牢。
行政院南部联合服务中心执行长江玲君指出，政府应辅导企业合法营运，不能以民粹动作铺天盖地追杀，只顾惩罚企业厂商，导致企业最后被勒令停工，受害则是上千基层劳工，尤其年关将届，对劳工权益更是不公平。日月光偷排废水严重污染后劲溪，早在2013年10月1日就被市府查出，却时隔2个月后，环保局才带着媒体大动作稽查日月光，此举令人不可思议，是否为选举造势，动机更是可议。
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