生物指标（Bioindicator）又称指标物种或指示物种（indicator species），系指族群状态可反映环境品质的物种。研究人员利用生物指标进行生物监测（英语：Biomonitoring），即借由观察指标种的族群变化，推得环境受污染的情形。生物指标可反映污染持续时间对生物的间接影响等借由物理或化学方法无法获知的额外资讯。研究人员不需观测环境中的所有生物，透过观察单一指标物种即可侦测整体环境的变化情形。
有些指标物种仅适用于特定的环境，在不同环境或地理区域的准确度会下降。
细小裸藻（英语：Euglena gracilis）、双核草履虫（英语：Paramecium biaurelia）、苔藓、地衣、石蛾、蛙与蟾蜍、螯虾等生物均可作为环境的生物指标，检测环境中的二氧化硫、氮氧化物、杀虫剂、重金属或其他化学毒素等污染物。
