海军总队（日语：海軍総隊／かいぐんそうたい ?）是旧日本海军在太平洋战争末期的一个海军组织。其囊括联合舰队、各方面舰队、各镇守府及警备府、海上护卫总司令部，其司令部指挥日本海军的全部力量。日本战败后的1945年10月10日，海军总队解散。
海军总队的首长为海军总司令长官，其首席参谋为海军总队参谋长。
日本海军长期以来一直采取强化联合舰队的方针，主力舰艇云集于联合舰队旗下。然而1944年10月莱特湾海战（又译莱特湾海战）日军受到盟军的沉重打击，联合舰队损兵折将严重。1945年4月，联合舰队发动了自杀式的坊之岬海战，再次受挫。此后日军已经严重缺乏燃料，主力舰艇不再出海，仅充当浮动炮台使用。联合舰队已经实质上遭到了毁灭。
在此状况下，日本海军为了将海上护卫的战力囊括在内，统一运用本土和近海的全部兵力，1945年（昭和20年）1月1日，海上护卫总司令部以及各镇守府等全部置于联合舰队司令长官指挥之下。4月25日，为了进一步明确指挥系统职责，提高效率，设立海军总队司令部，由海军总队司令长官进行领导，其司令部参谋由联合舰队参谋兼任。
小泽治三郎海军中将接手海军总队之时，东南方面舰队、西南方面舰队移出海军总队系统，改为大本营直辖。这是因为这两支舰队的时任司令长官草鹿任一（日语：草鹿任一）海军中将、大川内传七（日语：大川内傳七）海军中将均为小泽在海军兵学校的同期生，且均在小泽前任职。按日本海军先任者不会归入后任者指挥的惯例，两支舰队不能继续留在海军总队编制内。
