巴什科尔托斯坦共和国首脑（俄语：Глава Республики Башкортостан；巴什基尔语：Башҡортостан Республикаһы Башлығы），2015年之前称为“总统”（Президент / Президенты），是俄罗斯巴什科尔托斯坦共和国的最高行政首长，任期五年，可连任一届。
根据《巴什科尔托斯坦共和国宪法》，年满30周岁、拥有被选举权、并符合俄罗斯联邦法律对联邦主体最高官员职位候选人的要求的的俄罗斯公民，可参选巴什科尔托斯坦共和国首脑。
现任首脑为拉季·哈比罗夫（俄语：Хабиров, Радий Фаритович），于2018年10月11日开始代行首脑职权。
根据巴什科尔托斯坦共和国宪法，共和国首脑的职权包括：
另外，根据该共和国宪法，巴什科尔托斯坦共和国总统在行使其权力时，有义务遵守俄罗斯联邦宪法、联邦法律、巴什科尔托斯坦共和国宪法和该共和国法律，执行俄罗斯联邦总统的法令和俄罗斯联邦政府的决议，并有义务讲巴什科尔托斯坦共和国的国家语言。
2010年12月，时任俄罗斯总统德米特里·梅德韦杰夫签署了一项法律，禁止将各联邦主体的最高行政长官称为“总统”，各联邦主体必须在2015年1月1日之前进行修改。2014年12月25日，巴什科尔托斯坦共和国国家议会通过决议，将原先的“总统”改为“首脑”，2015年1月1日正式生效。
