南京铁路枢纽位于江苏省南京市，是2016年《中长期铁路网规划》中的16个中国铁路枢纽之一、华东地区重要的路网性枢纽，起着沟通华东与华北、中南、西南地区物资交流的作用。同时，南京枢纽还是华东第一通道的咽喉，也是中国“八纵八横”高铁网格局中，京沪通道（一纵）和沿江通道（一横）的交汇点。
早在20世纪30年代，南京地区就形成了沪宁、津浦、宁芜三条干线和南京铁路轮渡构成的“三线一渡”格局；然而，当时的干线在运营上都是自成体系，而且设备也不完善，所以并不是成型的枢纽。
进入50年代后，华东地区稳定了下来，铁路运量也随之迅速增长，而主要的老南京站和浦口站的编解能力和轮渡作业能力已无法应对，使这三个最重要的设施反而成为了运力的瓶颈。
为提高铁路的运力，铁道部和上海铁路局对南京市内的铁路设施实行了一系列的改扩建措施。
2016年，新的《中长期铁路网规划》发布，南京铁路枢纽被列入16个“综合交通枢纽”之一。
近年来，随着杭州、合肥铁路枢纽地位迅速提升，南京枢纽在长三角城市群中的功能正在弱化。根据《南京市铁路枢纽总图规划（2016-2030）》，南京铁路枢纽将形成“两环、四跨、十五线、五个重要客站、四个物流节点、一主一辅编组站”的环形放射状格局。
枢纽内经过的干线铁路有京沪铁路、宁西铁路、宁启铁路、宁铜铁路、京沪高速铁路和沪汉蓉快速客运通道。南京枢纽也是沪宁杭合“一小时（高速铁路）圈”的一环，能通过高铁和动车快速通达8个设区市，直达或转车至22个省会城市。
2018年10月19日，中国铁路总公司与江苏省人民政府联合批复《南京市铁路枢纽总图规划（2016-2030）》。根据规划，未来的12年内，南京将增加7条高铁、2处铁路过江通道。
2018年发布的规划中提出，经过南京铁路枢纽的高铁将形成“米”字形，并打通枢纽向东北往环渤海方向，以及向南往黄山、福建方向的路径；同时，规划还提出了围绕南京中心的“3个圈”：直通上海、杭州等的“1小时高铁圈”；与省内设区市1.5小时通达的“1.5小时高铁圈”；与北京、南昌、青岛、福州等3-5小时通达的“半日高铁圈”。
以下是正在运营中的高铁线路：
规划中线路：
南京铁路轮渡于1933年10月开通运营。轮船来往于南京西站和南京北站的轮渡所之间，承担着连接津浦和沪宁两线的重任，也曾是南京枢纽的中心，同时也因为轮渡的速度成为了枢纽的瓶颈。1968年南京长江大桥通车后，轮渡的业务量锐减，并在1973年5月停止日常运营。近年来，轮渡原址被开发为了火车主题公园，并入选了中国工业遗产保护名录。
