吴鸿源嘉义县会战，戴潮春事件系列战役之一，起于同治二年（1863年）农历二月十五日，署福建水师提督吴鸿源入主嘉义县城后，在嘉义县境（清代嘉义县境含部分云林县区域）与天地会红军一系列交战的战役，两军在二重溪一带（今云林县斗南镇）僵持良久，至七月廿八日吴鸿源被闽浙总督左宗棠奏请免职，其水师提督印由时任署台湾北路协副将（挂记名总兵衔）曾元福接掌告终。
同治元年（1862年）农历十二月廿四日，署福建水师提督吴鸿源征调厦门水师提标营、金门镇:159、海坛镇共计1600名兵勇，又自泉州同安招募1500名壮勇、水勇880名抵达台湾府（吴鸿源原籍福建同安），另有陈飞鹰因海风之故，至府城登陆的兵勇600人，总数将近5000名援军抵达台湾。:851
同治二年（1863年）二月十二日，吴鸿源率领客军（外地来的军队）与店仔口豪族吴志高合作，进军嘉义县城，并成功于二月十五日击溃天地会红军，戴老见（应为戴潮春之叔）被清军斩杀，天地会自嘉义县城外撤军、退守斗六门。
吴鸿源鉴于前一年台湾镇总兵林向荣轻出嘉义县城后、在斗六门之役阵亡，用兵谨慎，决定先于斗六门与嘉义县城之间“危险通道”一带清理战场，再思北取彰化县城之策，所以和嘉义红军股首在二重溪（今云林县斗南镇）、南靖庄（今嘉义县水上乡）一带近战交锋:851-852，导致大军朝北进展颇慢，与台湾道道尹洪毓琛速战速决的战略背道而驰，洪毓琛屡屡催促吴鸿源进军，两位文武大员意见相互僵持。
同治二年（1863年）二月间，吴鸿源驻留嘉义县城周围，与当地股首严办、吕仔梓等民团会战，吴鸿源遣派守备苏吉良、徐荣生进攻刘厝庄、小定厝、上涂沟、下涂沟等“危险通道”鏖战三个月余，天地会红军乃有吕仔梓夫妻、罗彭胡、叶新妇、何钱鼠等顽强抵御。
四月间，福州将军觉罗耆龄委派曾元福率领1000名兵勇自鹿港登陆，驻兵白沙坑、观音山两处（今花坛乡东北部），不时支援吴鸿源大军。
五月间，吴鸿源麾下苏吉良、徐荣生与红军吕仔梓、罗彭胡激战正酣，蓝翎都司陈康泰阵亡，官军已显败势，曾元福遣派援军即时赶到，苏吉良、徐荣生赶紧调头力抗红军。此役吕仔梓妻亦上场参战，见己方势力稍颓，便决议亲率兵勇挽回局势，但却不幸被大炮击中脑袋而死，红军顿失一将，军心大跌，官军乘势反扑，连战两日两夜，生擒红军将领叶新妇、何钱鼠，另一名股首严办则赶紧遁逃至新港避难，后，吕仔梓请降，清军在吕仔梓引领下夺取大仑庄。
吴鸿源自二月中解嘉义县城之围后，至五月总计三个月期间，部属苏吉良、徐荣生在嘉义县各处“危险通道”鏖战，历经三百余战，总算清庄通道，使嘉义一带路经村庄降伏官军，惟兵勇损伤者甚多。
天地会在二重沟、南靖庄一带面临村庄搭建竹围、炮柜，防御稳固，坚守三个月余，官军迟迟不得北进；五月廿七日，吴鸿源在南路招募的1000名客民壮勇，因积欠口粮，在南靖庄一带哗变，令天地会红军有可趁之机，更造成官军不少兵丁伤亡逃逸。:852-853
同治二年（1863年）四月，新任闽浙总督左宗棠接办福建、台湾军务，对于吴鸿源在二月间传来解嘉义县城之围的战功，左宗棠却认为功劳应归诸在笨港乡绅陈澄清以及店仔口豪族吴志高的襄助，表露出对吴鸿源治军缺乏信心的立场。（林豪、吴德功则认为两次大甲城战役也发挥很大的牵制效果）:852
台湾道道尹洪毓琛在吴鸿源于嘉义县前线交战期间，一直对吴鸿源北上进展缓慢甚为不满，当是时，吴鸿源大军受困二重溪一带竹围防护的村庄，竹围严密非常、难以攻破，却被洪毓琛直书痛批“不解吴帅何以久攻不下？”，更以“拥兵滞逗”之名问罪吴鸿源，双方书信争辩不休，最后吴鸿源心力交瘁，决议罢兵班师。六月，久病缠身的洪毓琛病况加剧，在府城病逝。七月廿八日，左宗棠奏请将吴鸿源革职，另命时任台湾北路协副将曾元福代理吴鸿源旧职；曾元福原本扎军白沙坑，后逢兵士多名染疫便撤军南下；九月廿一日，曾元福循海道乘船至嘉义县麦寮港登岸，接掌篆印（即福建水师提督官印），统率吴鸿源留下来的部队。
吴鸿源被朝野革职后，左宗棠鉴于客军（外地军队）容易哗变，一改先前调派客军镇压台湾叛乱的方针，推举台湾当地将领如阿罩雾家族林文察、林文明返乡镇压叛乱，经过一番朝廷辩论后（本籍回避争议），同治皇帝最终同意左宗棠的奏请，先让林文明先挑选台勇旧部返台支援（兵勇2600名，可另召生番400名），八月十八日，授林文察领“署福建陆路提督”衔，林文察军队在九月十日自泉州的提督署赴往台湾。:852-853:136-137
