哭庙案是一宗发生于清朝顺治十八年（1661年）的示威，以及之后政府对示威者的镇压。作家金圣叹参与并死于这次事件。此案对江南士绅造成了沉重的打击。
顺治十八年，顺治帝驾崩，哀诏于二月一日下达吴县，府衙设灵举哀痛哭三日。同时，苏州发生了“抗粮哭庙”案。顺治十七年新任吴县县令任维初，私取公粮三千余石，又逮捕交不出补仓粮的老百姓。以金圣叹为首的几个秀才，因同情农民的遭遇，写了“揭帖”到哭灵场所控告县官，金圣叹将矛头指向包庇部下的巡抚朱国治，《哭庙文》写道：“顺治十八年二月初四，江南生员为吴充任维初，胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾。读书之人，食国家之廪气，当以四维八德为仪范。不料竟出衣冠禽兽，如任维初之辈，生员愧色，宗师无光，遂往文庙以哭之……”。金圣叹第二天联络更多的群众去哭庙抗议，但他本人并没有到现场。
朱国治大为震怒，当场逮捕了倪用宾等五名秀才。后来被逮捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等人，其中并没有金圣叹。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮捕，金圣叹高呼先帝，被甩二十巴掌。吏部员外郎顾予咸在家乡居住，亦受牵连，禁系大牢六十三天，“时当盛暑，流汗积项成膏，腐肉满于铁索，其苦有不忍言者”。朱国治将哭庙文的起草人金圣叹作为首犯拘捕，冠以“摇动人心倡乱，殊于国法”之罪，最后倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死罪，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。《辛丑纪闻》记载：“至辰刻，狱卒于狱中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人观者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处而已。”据《哭庙纪略》记载，沈大章由其叔收尸，倪用宾、薛尔张、周江三人由顾予咸收葬；其余十四人则由亲人收葬。
顺治末年，除哭庙案外，还发生了一连串屠杀汉人的“丁酉科场案”、“通海案”、“江南奏销案”和“庄廷鑨明史案”等，其中“江南奏销案”、“哭庙案”和“通海案”，合称“江南三大案”。清朝《研堂见闻杂记》记载：“朝廷有意与世家有力者为难，以威劫江南人也。”
