冯元(?-1805年),云南南平县人,彝族。清朝军事将领,武探花及第。
乾隆六十年(1795年)一甲三名武进士,授二等侍卫,在乾清门行走。嘉庆元年(1796年)四月,请假回籍。次年正月,贵州南笼狆苗反清起事,冯元自告奋勇,前往军营效力。因战斗勇猛,经云贵总督勒保保奏,留在贵州,听候升用。
嘉庆三年(1798年)三月,云贵总督鄂辉派冯元率领贵州官兵入川,剿捕白莲教众。五月,补授贵州台拱营参将。此后纵横数载,立功无数。嘉庆十年(1805年)五月,冯元升任上江协副将。闰六月,擢古州镇总兵,同年八月卒。