余懋孳(1566年-1617年),字舜仲,别号瑶圃,直隶徽州府婺源县人,明朝政治人物。
嘉靖四十五年丙寅生,援例入南京国子监,年三十八,中万历癸卯(1603年)应天乡试举人第四十五名,三十二年甲辰(1604)中会试二百三十名,殿试三甲一百一名进士,观政都察院,三十三年乙巳授浙江山阴县知县,三十七年己酉为浙江乡试同考官,三十八年庚戌行取授北京礼科给事中,四十二年甲寅奉敕颁诏闽浙,四十四年丙辰为会试同考官,四十五年丁巳奉使册封德藩宁阳郡王,便道假归,卒浙江秀水舟次,年五十二。著有《荑言》六卷。兄余懋学,隆庆二年进士,官南京户部侍郎。
父耿世儒。