周起元（1571年－1626年），字仲先，号绵贞，福建省漳州府海澄县（今漳州龙海）人。明朝东林党政治人物，东林七贤之一，遭阉党锦衣卫许显纯拷打致死。
生于隆庆五年（1571年）。万历二十八年（1600年）乡试第一，翌年成进士，授江西浮梁（今景德镇市）知县。值豪强阴谋吞书院，起元执法，坚决抵制，终于保住书院。历知浮梁、南昌，以廉惠著称。万历四十年（1612年）受命湖广御史。不久，清兵攻破辽阳，改任通州参政。
天启三年（1623年）召入为太仆少卿。兵科给事中朱童蒙诋毁道学为伪学，又上疏弹劾朱童蒙，朱童蒙被贬出京，外迁苏州。翌年，任右佥都御史，巡抚苏松十府，是时大水泛滥，起元上疏请浚江河，但朝廷不许。时吴中税监李实素贪横，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”终于得罪魏忠贤。
朱童蒙后依附阉党，魏忠贤遂矫旨将起元削职为民，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。天启六年（1626年）二月，诬陷周起元为巡抚时贪污十余万两银，下令缉捕。锦衣卫都指挥佥事许显纯奉命拷打，同年九月，因肌肉糜烂致死。福王时，追谥忠惠。
