首页 >
蛋白质资料库
✍ dations ◷ 2025-04-25 00:24:33 #蛋白质资料库
蛋白质数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上,还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库,例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。这些资料和数据一般是世界各地的结构生物学家经由X射线晶体学或NMR光谱学实验所得,并释放到公有领域供公众免费使用。PDB的历史可以追溯到1971年,当时布鲁克黑文国家实验室的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库。1973年Hamilton去世后,Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月,以色列魏茨曼科学研究学院的Joel Sussman被任命为PDB负责人。在1998年10月,PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB),并与1999年6月移交完毕,新的负责人是罗格斯大学(Rutgers大学)(RCSB成员)的Helen M. Berman。2003年,PDB作为wwPDB的核心,成为了一个国际性组织。同时,wwPDB的其他成员,包括PDBe(欧洲)、RCSB(美国)、PDBj(日本)也为PDB提供了数据积累、处理和发布的中心。BMRB(英语:Biological Magnetic Resonance Data Bank) 于2006年加入。值得一提的是,虽然PDB的数据是由世界各地的科学家提交的,但每条提交的数据都会经过wwPDB工作人员的审核与注解,并检验数据是否合理。PDB及其提供的软件现在对公众免费开放。PDB数据库每周更新(UTC+0 星期三)。 同样,PDB馆藏列表也每周更新一次。 截至截至2017年3月14日 (2017-03-14),现有统计信息如下:这些数据表明大多数结构是由X射线衍射确定的,但是现在约10%的结构由蛋白质NMR确定。 当使用X射线衍射时,获得蛋白质原子坐标的近似值,而通过NMR实验发现蛋白质原子对之间距离的估计值。 因此,在后一种情况下,通过求解距离几何问题(英语:Distance geometry problem)来获得蛋白质的最终构象。 一些蛋白质由低温电子显微镜确定。 (单击原始表中的数字将显示由该方法确定的结构示例。)上述结构因子文件的意义在于,对于具有结构文件的由X射线衍射确定的PDB结构,可以查看电子密度图。 这些结构的数据存储在“电子密度服务器”上
。过去,PDB的结构数量以近似指数的速度增长,通过了1982年的100个注册结构里程碑,1993年的1,000个,1999年的10,000个,以及2014年的100,000个。然而,自2007年以来,新蛋白质结构的积累速率似乎已经趋于稳定。
相关
- 鹅膏蕈氨酸鹅膏蕈氨酸(Ibotenic acid), 是一种含有异
- 49,XYYYYXYYYY综合征(英语:XYYYY syndrome),是一种罕见的Y染色体数目异常疾病。中度至重度智能障碍、言语延迟、肌张力低、巨脑室、脑白质异常、脊柱侧弯、复发性上呼吸道感染、肘外翻、
- 技术传播者技术传播者(英文: technology evangelist)是指在网络效应下的市场,一个人试图为一个特定技术创建其群聚效应者的支持,为了让这一技术成为行业技术标准 。 专业技术传播者常常受雇
- 碳氮氧循环碳氮氧循环(CNO cycle),有时也称为贝斯-魏茨泽克-循环(Bethe-Weizsäcker-cycle),是恒星将氢转换成氦的两种过程之一,另一种过程是质子-质子链反应。在质量像太阳或更小些的恒星中,
- Hsub4/subPsub2/subOsub7/sub焦磷酸,无色黏稠液体,久置生成结晶。由正磷酸失水而得。用水稀释可生成正磷酸。水溶液有强酸性。纯焦磷酸可由磷酸氢钠加热再将其溶解,转化成焦磷酸铅沉淀后通入硫化氢过滤,将滤
- 印度式摔角印度式摔角(英语:Pehlwani;乌尔都语/Shahmukhi:پہلوانی、旁遮普语:ਪਹਿਲਵਾਨੀ、印地语:पहलवानी、孟加拉语:পাহলাভানি)或称 or 古什蒂(英语:kushti;乌尔
- 余梦伦余梦伦(1936年11月-),籍贯浙江余姚,中国航天飞行力学、火箭弹道设计专家,中国科学院院士。他在火箭弹道设计中取得多项重要成果,是中国弹道战略火箭和运载火箭弹道设计的开创者及学
- 哮喘病喘息 、哮喘(英语:asthma,又称气喘)是常见的气道慢性炎症疾病,主要特征是多变和复发的症状、可逆性气流阻塞,和支气管痉挛(英语:bronchospasm)。常见症状表现为喘息 、咳嗽、胸腔紧
- 丕平王朝加洛林王朝(法语:les Carolingiens,旧称Carlovingiens,中世纪拉丁语:Karolingi,又译卡洛林王朝)是自公元751年后统治法兰克王国的王朝。在此之前,其王朝成员以“宫相”的身份涉理王
- 埃森哲埃森哲(Accenture;NYSE:ACN)是一个管理咨询、信息技术和业务流程外包的跨国公司。2015年埃森哲在55个国家、200多个城市有超过38万4千名员工,营业额约329亿美元,是世界上最大的管