明末三案，是中国明朝末期宫廷中发生的梃击案、红丸案、移宫案的总称。这三起事件引发了满朝士大夫互相侵轧，故有“三大案”之称。事实上早在三大案之前，明神宗万历年间还有二书二楚四案，即两次妖书案，两次楚藩案，这些案件表面上的问题都是所谓的“国本之争”，但实际上是激烈的东林党争，直到南明灭亡为止。
万历廿六年（1598年），有人撰《忧危竑议》，说郑贵妃欲以其子福王朱常洵夺储君之位。神宗怀疑此书是出自吏科给事中戴士衡、全椒知县樊玉衡之手，士衡、玉衡俱贬，后来神宗又认为大学士张位是主谋．罢免了张位，贬谪亲近张位的礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作、国子监祭酒刘应秋、给事中杨廷兰、礼部主事万建昆等，是为“第一次妖书案”。
万历卅一年（1603年），又出现《续忧危竑议》一书，再次宣告郑贵妃欲以福王夺储位，辱及天子、宰相，是为“第二次妖书案”。此书为大学士朱赓所得，朱赓面奏神宗，神宗怒命东厂与锦衣卫侦办。此时浙党沈一贯乘机构陷东林党沈鲤、郭正域等人，事态扩大，株连甚多，连高僧紫柏真可禅师都因与沈鲤往来受波及，遭到锦衣卫打成重伤，随即涅槃。由于太子朱常洛向东厂陈万化施压，不牵连大臣，最后东厂归罪于顺天府诸生皦生光所作，皦生光遭到凌迟处死。
除了妖书案，两次的楚藩案亦成为党争的导火线，与两次“妖书案”合称为二书二楚，又称楚宗之乱。
万历四十三年（1615年）五月初四日傍晚，有一男子张差，手持枣木棍，闯入太子朱常洛的慈庆宫，打伤守门太监，太子内侍韩本用率众将之逮捕，张差被捕后声称为郑贵妃手下太监庞保、刘成二人引进，主使者遥指郑贵妃本人，此为梃击案 。
万历四十八年、泰昌元年（1620年）八月，万历帝崩，朱常洛即位，是为明光宗，郑贵妃为了结好光宗，立即献上了美女数名。光宗大喜，夜夜春宵，纵欲过度，因而生病，司礼监秉笔太监崔文昇进上泻药，使皇帝病情加剧。鸿胪寺丞李可灼进红丸，自称仙方，光宗服药后死去，时人怀疑为郑贵妃下毒，是为红丸案 。
泰昌元年（1620年），天启帝即位，抚养皇帝的李选侍和魏忠贤，利用熹宗年幼强居乾清宫，把持朝政，东林党人杨涟、左光斗等反对，不让李选侍与皇帝同住，迫使她移居他处，是为移宫案 。
