新英格兰水族馆位于美国马萨诸塞州波士顿的中央码头，始建于1969年，除了主展馆以外，还有一个西蒙斯IMAX影厅和新英格兰水族馆观鲸游轮。水族馆观鲸船每年4月至11月运行。新英格兰水族馆拥有超过22000名会员，每年超过130万游客参观。
波士顿于1962年开始筹划建造自己的水族馆，由剑桥七人联合会（英语：Cambridge Seven Associates）的彼得·切尔马耶夫（英语：Peter Chermayeff）担任主设计师。1969年水族馆竣工开放营业。 1970年，水族馆的巨型海洋鱼缸开放，是当时世界上最大的圆形海洋鱼缸。
1974年，由于水族馆土地面积不够用于扩张，展馆旁停靠了一艘多层驳船”发现号“，用作水上哺乳动物馆。这座大型”展馆“拥有1000个座位和一个116,000-美制加仑（440,000-升；97,000-英制加仑）的水缸。展馆内饲养着一群海豚，直到20世纪中期，被转移到别的场馆。在这之后，“发现号”饲养了一群海狮。20世纪初，由于”发现号“使用多年，维护成本过高，最终退役。
2013年，巨型海洋鱼缸进行翻修， 为鱼缸增加了一片加勒比地区珊瑚礁群。1998年展馆西厢房竣工。新的西厢房由施华兹/斯尤弗建筑公司设计建造，主体为玻璃及钢结构，包括一座可从展馆外观赏的港海豹展览水缸、售票大厅、时令展馆、礼品商店及咖啡厅。
1999年，水族馆为达克斯伯里（英语：Duxbury, Massachusetts）的鼠海豚建造了一座展馆，包括一个可容纳三只鼠海豚的，29,000-美制加仑（110,000-升；24,000-英制加仑）的水缸。
2001年，马修和玛西娅·西蒙斯IMAX影院开业，影院可容纳428人，建造在水族馆旁，由韦纳·约翰逊设计。影院屏幕高65英尺（20米），约为六层楼，宽为85英尺（26米），可放映2D和3D电影。
2003年，水族馆花费190万美元，建造了12个水母水缸，命名为“神奇的水母”。新的展厅展现了不同的水母，并强调在气候变化的今天，水母更容易存活，并且数量会变多。
2006年，新英格兰水族馆获得动物园和水族馆协会（英语：Association of Zoos and Aquariums）（AZA）认可。
2009年，新百伦基金会海洋哺乳动物中心成立，饲养着北海狗。
2010年，动物护理中心开业。护理中心位于昆西市，占地面积约为23,000-平方英尺（2,100-平方米），用于在展馆维护或翻修时对动物进行养育。同时该护理中心也是海洋动物急救和康复中心。
2013年，水族馆在对其举行海洋水池进行翻修10个月后，终于再次开放。新的海洋水池复制了前哥伦布时期加勒比海珊瑚礁，安装了带反光罩的新照明灯并搭配了新的观赏玻璃。水缸中饲养的鱼从800条增加到2000条，其种类从90种增加到140种。
水族馆的巨型海洋水缸位于展馆中庭，这座760,000升的圆柱形水缸模拟加勒比海珊瑚礁群，并饲养了窄头双髻鲨、沙虎鲨、 海龟、鳐鱼（英语：stingray）、鯙科、梭子鱼及其他生活在珊瑚礁附近的鱼类。水缸四周为观赏玻璃，允许游客从各个角度观赏珊瑚礁群。
水箱旁为一个570,000升的企鹅展厅，饲养着黑脚企鹅、南北凤冠企鹅（英语：rockhopper penguin）和小蓝企鹅。企鹅们栖息地中有几座人造岩岛供企鹅居住。在中庭周围有四层小展区：
水族馆正门外为港海豹展区，游客不需要进入水族馆也可从水族馆外观赏。馆内共有4只北海狗和3只加州海狮，后方为新百伦基金会海洋哺乳动物中心。新英格兰水族馆所有参加日常培训的海洋哺乳动物都对公众开放。
“神奇的水母”展在西厢房，拥有海月水母、海荨麻水母（英语：sea nettle）、仙后水母、帕劳水母和澳大利亚斑点水母（英语：Phyllorhiza punctata），来自世界各地。2011年，信托家族基金会鲨鱼鳐鱼触摸水池开放，是东海岸最大的触摸水池。池中有牛鼻鳐（英语：cownose ray）、黄鳐鱼（英语：yellow ray）和犁头鳐。
2010年水族馆的企鹅展区呈现，展现了野生企鹅在自然界中生存并保护自己的方法。
运动中的海洋哺乳动物主题展的主角为水族馆的北海狗和港海豹们，鼓励孩子们一起小腿伸展，跳舞，旋转和跳跃。海洋哺乳动物中心还吸引了海洋哺乳动物与人类之间的联系，并指出支线海洋动物正面临的危机。
2008年的主题展览为海龟及陆龟。这些乌龟在地球上生活了3亿年，远比恐龙生活得久。有的乌龟由于污染、气候变化和栖息地减少，面临着灭绝的危险。
2008年建造的临时亲水池中饲养了南部鳐鱼（英语：southern stingray）、牛鼻鳐（英语：cownose ray）、黄鳐鱼（英语：yellow stingray）和斑鲨。后来成为水族馆常驻展厅之一，并命名为信托家族基金会鲨鱼鳐鱼触摸池。游客可以近距离触摸感受相关动物，在重建的天然红树林和泻湖为主题的栖息地观察它们进食。
该主题展览以我们最惧怕的物种为主，展现包括活鲨鱼及其视频。西蒙斯IMAX影院播放《海怪：史前冒险》，包括虎鲨、水蟒、大梭鱼、电鳗、狮子鱼、海鳗、巨型太平洋章鱼及南部鳐鱼。
新英格兰水族馆在大西洋大道波士顿中央码头（英语：Central Wharf (Boston)）。从波士顿市中心向长码头（英语：Long Wharf (Boston)）方向走，萝丝·肯尼迪绿道（英语：Rose Kennedy Greenway）旁。波士顿港口步道（英语：Boston Harborwalk）环绕在水族馆附近。离水族馆最近的地铁站为波士顿地铁蓝线水族馆站，但从波士顿地铁橙线及绿线换乘车站干草市场站短暂步行也可到达。
水族馆经常参与到滞留的海洋哺乳动物和海龟的救援活动中。
每年4月至10月期间，水族馆与波士顿港游轮公司合作主办赏鲸游轮活动。水族馆在游轮上指派博物学家和教育者，与游客进行互动。游轮将游客载往波士顿东部约30英里（48千米）处的斯泰尔瓦根暗礁国家海洋保护区（英语：Stellwagen Bank National Marine Sanctuary）。这里是多种大型鲸鱼的家，生活着座头鲸、长须鲸、小须鲸、领航鲸和濒临灭绝的露脊鲸。有时候也可以看到大西洋白海豚（英语：atlantic white-sided dolphin）。通常观鲸船往返一共3至4小时。
由于船上的自然学家经验丰富，几乎每次出海都能观测到鲸鱼。但如果没有看到鲸鱼，水族馆会给游客发放消费券，以供下次免费搭乘游轮出海，直至看到鲸鱼为止。
