伊斯兰教,巴基斯坦的国教。穆斯林占大约96%的人口(1998年人口普查)。巴基斯坦的穆斯林人数在世界上排名第二,仅次于印尼。91%的巴基斯坦人逊尼派,5%人口什叶派(数字介于17万至30万)。
基于南亚两个国家不同的宗教(伊斯兰教和印度教)和不同历史背景、文化和社会习俗的基础上,穆斯林诗人和哲学家阿拉马穆罕默德·伊克巴尔于1930年在阿拉哈巴德穆斯林联盟首先提出成立一个穆斯林国家的想法,他建议旁遮普省、信德省、俾路支省和西北边境省应成为巴基斯坦的一部分。
巴基斯坦建国后,巴基斯坦伊斯兰教和政治就一直密不可分。1977年,佐勒菲卡尔·阿里·布托政府禁止酒精和毒品,在齐亚·哈克时代实行伊斯兰化政策。实行沙里亚法与政府部门一天五次祈祷及实施伊斯兰金融系统。
另外当地的亵渎法(英语:Blasphemy law in Pakistan)被认指滥用以迫害当地的少数宗教,例如基督徒。