伊斯兰教，巴基斯坦的国教。穆斯林占大约96％的人口（1998年人口普查）。巴基斯坦的穆斯林人数在世界上排名第二，仅次于印尼。91％的巴基斯坦人逊尼派，5％人口什叶派(数字介于17万至30万)。
基于南亚两个国家不同的宗教（伊斯兰教和印度教）和不同历史背景、文化和社会习俗的基础上，穆斯林诗人和哲学家阿拉马穆罕默德·伊克巴尔于1930年在阿拉哈巴德穆斯林联盟首先提出成立一个穆斯林国家的想法，他建议旁遮普省、信德省、俾路支省和西北边境省应成为巴基斯坦的一部分。
巴基斯坦建国后，巴基斯坦伊斯兰教和政治就一直密不可分。1977年，佐勒菲卡尔·阿里·布托政府禁止酒精和毒品，在齐亚·哈克时代实行伊斯兰化政策。实行沙里亚法与政府部门一天五次祈祷及实施伊斯兰金融系统。
另外当地的亵渎法（英语：Blasphemy law in Pakistan）被认指滥用以迫害当地的少数宗教，例如基督徒。
