巴伊亚州市镇列表列出位于巴西东北部的巴伊亚州当前下辖的所有市镇。巴西地理统计局（英语：Brazilian Institute of Geography and Statistics）于2020年估计，该州人口14,930,634人，占巴西总人口7.051%，在巴西各州及联邦区名列第4。面积 564,760.427平方千米（218,055.220平方英里），占巴西国土的6.636%，在巴西各州及联邦区排名第5位。
巴伊亚州被认为是葡萄牙美洲最古老的州份（英语：Portuguese colonization of the Americas）。该州现今所辖的地区，在欧洲人抵达前就有如艾莫雷人（英语：Aimorés）、图皮纳姆巴人（英语：Tupinambá people）、图皮尼奎姆人（英语：Tupiniquim）等原住民居住。1500年4月，佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔的舰队首次发现巴西，并在塞古鲁港停泊。1534年，该区域开始有葡萄牙人长居。自同年起，该地区陆续成立了万圣湾领地（葡萄牙语：Capitania da Baía de Todos os Santos）（1534年3月5日）、塞古鲁港领地（葡萄牙语：Capitania de Porto Seguro）（1534年5月27日）、伊列乌斯领地（葡萄牙语：Capitania de Ilhéus）（1534年7月26日）、伊塔帕里卡与塔马朗迪瓦群岛领地（Capitania de Itaparica e Tamarandiva，1566年3月15日）和帕拉瓜苏与雷孔卡沃湾领地（Capitania do Paraguaçu ou do Recôncavo da Bahia，1566年3月29日）；这些区划一直使用至十八世纪下半叶。1549年，多美·苏萨创立了萨尔瓦多城作为巴西的行政中心，萨尔瓦多也因此成为巴西的第一个首都，直到1763年若昂五世才将首都移至里约热内卢 。1808年1月28日，巴西摄政王若昂六世在巴伊亚领地（英语：Capitania da Bahia）颁布皇家特许状，宣布向友好国家开放港口，终止商业垄断并开放巴西对外贸易经济。
1821年，巴伊亚领地开始寻求从葡萄牙联合王国独立，甚至当巴西帝国于1822年9月7日宣布独立之后仍继续与葡萄牙军队作战，直到葡军于1823年7月2日投降。7月2日因此成为巴伊亚独立日，并被列为州定假日之一。独立后巴伊亚领地改称巴伊亚省（葡萄牙语：Província da Bahia），范围大致与领地时期相同。1827年佩德罗一世为了惩罚伯南布哥省（葡萄牙语：Província de Pernambuco）支持赤道联邦（英语：Confederation of the Equator）运动，将该省西部、圣弗朗西斯科河左岸一部分的土地划给巴伊亚省，使得巴伊亚省所辖的范围增加了约15万平方公里。1889年，巴西皇帝佩德罗二世被驱逐出境，巴西合众国宣告成立（英语：Proclamation of the Republic (Brazil)），境内所有省改称为州。
巴伊亚州下辖10个直接地理区（葡萄牙语：Regiões geográficas intermediárias e imediatas）、34个中级地理区（葡萄牙语：Regiões geográficas intermediárias e imediatas）及417个市镇，市镇数量为巴西各州中的第4名；萨尔瓦多是巴伊亚州首府及最大城市，也是该州人口密度最高的市镇，总人口超过285万人；马埃廷加是人口数最少的市镇，人口密度最低的则是雅博兰迪。面积最大的是普雷图河畔福莫萨，最小的则是马德里-迪德乌斯。关于该州所下辖中级地理区、直接地理区的代码、位置等详细讯息，可参见巴伊亚州中级与直接地理区列表（葡萄牙语：Lista de regiões geográficas intermediárias e imediatas da Bahia）。
本列表依代码排序，并给出市镇的名称、代码、所属地理区、人口、面积、人口密度等资料。
