邓藩锡（1597年3月24日－1643年1月26日），字晋伯，号云中，南直隶镇江府金坛县人，明朝政治人物。
邓藩锡是天启元年（1621年）的举人，崇祯七年（1634年）成进士，获授龙岩知县，为政清廉耿直，到任后首先革除陋规，擒杀贼人首脑张维新，又捐俸修建学宫，旱灾时在岩洞祈祷下雨，令士民怀念；九年（1636年）负责同考福建乡试，到十三年（1640年）因得罪权贵调任嵊县知县，在荒年设立粥厂救活不少饥民。
之后邓藩锡入朝为南京兵部主事、郎中，十五年（1642年）出任兖州知府，一抵任已得知清兵入关，他极力修缮兵具，并典当自己衣物和妻妾饰物购买酒食慰劳士兵，很快清兵四万人抵达城外，他向鲁王朱以派说：“府有官，国有王，好像同舟一样。城池失守，因为贵族只顾金钱，叫鄙人、饿夫守卫。城郭是我的性命，财产则是别人的性命，我不能给予别人性命，怎能期望别人给予我性命？如果鲁王能散发积粮振奋士气，城池还有机会保存。”鲁王始终不愿意。他和监军参议王维新、同知谭丝、曾文蔚，通判阎鼎，推官李昌期等十人分门死守兖州府，到十二月八日城池遭攻破，王维新力战二死，邓藩锡被抓获，不愿投降被杀，其妾携同儿子投井自杀。崇祯十七年（1644年）追赠太仆寺卿，入祀七君子祠。
