保守序列（英语：conserved sequences）在生物学中是指在核酸序列（如RNA及DNA序列）、蛋白质序列、蛋白质结构或多聚糖序列内相似或相同的序列，这种情况可以发生在各物种间（种间同源序列）或由相同生物产生的不同分子（种内同源序列）间。对于物种间保守的情况，这意味着尽管物种形成一些特定的序列仍在进化过程中被保留了下来。也就是说系统树越向上推，特定序列越保守。因为序列信息在通常情况下通过基因自双亲传向子代，那么一条保守序列即意味着存在着一条保守基因。
人们普遍认为“高度保守”区域的突变会引发不能生存或无法延续的生命形式（例如血球生产、性成熟的重要基因失效），或是在自然选择中消亡的生命形式（例如控制免疫表达的基因）。环境决定着基因的保守或非保守。例如，在有抗生素存在的环境下，微生物中的抗生素抗药性基因将高度保守。如果环境中没有抗生素的存在，这种基因将变成非保守基因。
高度保守的DNA序列被认为有功能型价值。人们对许多高度保守的非编码DNA序列的功能还不甚理解。Bejerano和同事们在2004年第一次提出人类、小鼠和大鼠中的极端保守元素或序列(UCEs或者UCRs，)有100%的一致性。 最近的一项研究显示，缺少四个高度保守非编码基因的序列的小鼠可以存活，而且和正常小鼠相比并没有显著的表型差异。作者将他们的发现描述为“意料之外”。许多DNA区域，包括高度保守的DNA序列，由重复序列元素组成。一个可能的解释是，如果假设在在维持基本的生命过程中，一个序列已经足够，重复的序列都是多余的，那么只删除一个或一个子集的重复序列理论上可以维持表型功能。但是在这篇文章中并没有特别说明被移除的序列是不是重复序列。虽然许多保守序列的生物功能还是未知的，对少数保守序列转录表达的研究显示,在人类的癌症组织中，它们的表达是反常的。
]
NCBI（美国国家生物技术信息中心）
Ensembl
