秆锈病，又称柄锈病、麦锈病、黑锈病，是由真菌锈菌（学名：）所引发的疾病，以谷类作物为感染大宗。小麦的秆锈传染病则是由名为“”的变种秆锈菌所引起，这种秆锈菌普遍在非洲、亚洲蔓延，近期则传到了中东地区，造成严重的饥荒及内乱、引起重大关切，最严重的地区则是非洲中、西部。
锈菌是一种微小真菌、侵害多种植物的寄生物。锈菌常经由叶子的气孔进入植物体内，并且遍布植物全身。有些锈菌只有一种宿主植物，有些则有两种或以上的宿主，例如小麦锈菌可侵害小麦和小檗。
Ug99秆锈菌，又称TTKS，是一种秆锈菌（学名：）。不同于其他锈菌只能影响小部分的作物收成，Ug99秆锈菌会对绝大多数的麦种带来毁灭性的影响，并带来百分百的损失。肯亚便曾有因Ug99秆锈菌而发生农产量八成损失的纪录。1999年，科学家在非洲乌干达发现了破坏农作物的变种秆锈菌，并已蔓延至整个西非高原地区。2007年1月，孢子飘过也门、北至苏丹。同年3月，FAO发表声明表示Ug99秆锈菌可能即将蔓延至伊朗。
