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黄眼草科包括5属约270种,分布在全球热带和亚热带地区,中国只有1属7种。
本科植物为一年生或多年生草本植物,叶基生,线形,基部有鞘;花两性,稍两侧对称;花萼和花冠3裂;果实为蒴果,3瓣裂。种子极少。
1981年的克朗奎斯特分类法将其列入鸭跖草目,1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其分为两科—黄眼草科和阿波波达草科,将生长在南美洲的阿波波达草属植物单独列为一个科,没有放入任何一目中,黄眼草科放到禾本目中。2003年经过修订的APG II 分类法将这两个科仍然合并为一个科。