马来亚司令部（英语：The Malaya Command）是一个由英国陆军设于1924年的军事编队，第二次世界大战期间于1942年因为马来亚和新加坡沦陷而停顿，直到1945年重光后才从新运作，1957年因为马来亚联合邦独立而解散。
二战以前，马来亚司令部的主要职责是要协调英属马来亚的防务，当中包括海峡殖民地、马来联邦和马来属邦。司令部在吉隆坡、槟城、太平、芙蓉市和新加坡等地都设有小规模的驻军。
二战在1939年爆发后，司令部开始着手加强驻军军力。但由于英国三军主力要应付欧洲战场和北非战场，因此增加的兵力都主要来自英属印度陆军。
由1940年11月18日起，司令部在架构上从属于新成立的英军远东司令部（英语：British Far East Command）。1941年12月8日日本入侵马来亚后，司令部在1942年1月7日起改为从属于另一个新成立、但寿命短暂的美国-英国-荷兰-澳洲司令部（ABDACOM），试图设法控制又称“东印度屏障”（"East Indies Barrier"）的所谓“马来屏障”（"Malay Barrier"）。该防线由马来亚半岛一直南下伸延到新加坡，然后再连往最南端的荷属东印度群岛。不过，所有驻守的英联邦部队于1942年2月15日在新加坡战役战败和投降后，司令部即被解散。
1945年8月日本投降后，司令部由陆军第十四军重新成立，并在1945年11月1日设总部于新加坡。1947年8月，司令部一度被降格及分拆为马来亚军区（Malaya District）和新加坡军区（Singapore District）两个军区，但司令部没多久就因为马来亚紧急状态而在1950年8月重新成立。1957年8月31日，司令部因为马来亚联合邦独立而正式解散，司令部的职能大致上由英军海外英联邦陆上部队（马来亚）继承。
马来亚司令部的历任陆军总司令包括：
