巩馥洲（1965年1月－），男，陕西洋县人，中国数学家。现任中国科学院数学与系统科学研究院应用数学所所长，研究员，博士生导师，曾任中国数学会概率统计分会常务理事和副秘书长，中国数学会第十届理事会副理事长，中国数学会钟家庆基金会执委会委员，全国青联留学人员联谊会基础科学委员会秘书长，《应用数学学报》英文版编委，中文版常务副主编，《Northeastern Mathematical Journal》（<东北数学>英文版）编委。
巩馥洲是陕西省洋县（属汉中市所辖）洋州镇巩家槽人。1982年毕业于洋县中学，上中学时知识面就广，同学戏称“巩电子”。1986年毕业于西北大学，获学士学位；1989年于西北大学获硕士学位；1995年于中科院应用数学所获博士学位；1989年至1995年在西北大学数学系任助教、讲师；1995年7月至1997年6月在北京大学数学系做博士后工作；1997年7月至今在中科院应用数学所任助理研究员、副研究员、研究员。
1995年至1997年在北京大学从事博士后研究；1999年初至2001年初，受中国科学院公派并受德国马克斯·普朗克学会及德国比勒费尔德大学资助在德国比勒费尔德大学数学系从事合作研究；1989年至1995年在西北大学任教；1997年至1999年任中国科学院应用数学研究所副研究员； 2000年至今任中国科学院数学与系统科学研究院创新基地副研究员。2003年荣获中国数学会第九届陈省身数学奖。
巩馥洲研究员主要从事随机分析等方面的研究，已在国内外重要学术期刊上发表论文十八篇。自上个世纪九十年代起研究Malliavin分析及环（loop）空间上的随机分析学。率先证明了环空间上加权一阶Sobolev空间的Poincare不等式，解决了L. Gross于1993年提出的猜想；证明了环空间上带位势项的Log-Sobolev不等式，其位势项有简洁的运算式且只依赖于底流形的Ricci曲率和热核的Hessian；证明了Malliavin分析的结果可以在Ito空间和抽象Wiener空间之间相互转化。此三项研究成果获得了国际上许多资深概率学者的高度评价。还给出了判别流形为紧的新准则，解决了E. L. Bueler提出的猜测；建立了狄氏型的泛函不等式与其半群的一致可积性及紧性的等价关系，并利用弱型的泛函不等式估计了本质谱的下界。
代表性的工作是解决了Loop空间上Spectral gap存在性这一公开问题，证明了Loop空间上的Log-Sobolev不等式及Ito空间上Malliavin分析的拟不变性。
