邱良功（1769年－1817年10月10日），字玉韫，号琢斋，谥刚勇，清朝武官官员，福建同安县绥德乡翔风里十九都后浦（今金门县金城镇后浦）人。曾经官至浙江水陆提督，乃金门俗谚“九里三提督，百步一总兵”中的三位提督之一。
邱良功出生才35天，其父邱志仁就去世了，之后由其母许氏（当时二十八岁）抚养邱树功和邱良功兄弟长大。长大成年之后，邱良功加入军旅，在金门镇水师左营当兵，曾先后随金门镇总兵李芳园、李南馨出洋缉盗，颇受赏识，后被提拔补为外委。嘉庆元年（1796年）从游击魏成名出洋缉盗，追过澎湖青水沟，擒陈明等人，后因功升为把总，不久又为嘉庆帝圈选朱批嘉许。嘉庆六年（1801年），补千总，后调水师提督中军守备，嘉庆八年（1803年）九月再升左营游击，同年十一月闽浙总督玉德保奏邱良功勘胜参将一职，遂于同年十二月迁烽火营参将。
嘉庆十年（1805年）正月，署闽安协副将，二月陪同署金门镇总兵许松年渡台会剿海盗蔡牵，后署台湾水师协副将。嘉庆十一年（1806年）正月，蔡牵复出现于鹿耳门西边，邱良功遂与副将张见陞、王得标合力追击，以火攻歼其众于洲仔尾，后转由北汕尾与提督李长庚夹攻蔡牵，但因涨潮而让其遁走，但事后仍因有立功于该年七月加副将衔，赏戴花翎。嘉庆十二年（1807年）七月，邱良功追击朱�于沪尾，后与南澳总兵王得禄一同追到苏澳，摧毁其根据地，同年十二月负责缉捕蔡牵的浙江提督李长庚阵亡，其任务由邱良功与王得禄接手。
嘉庆十三年（1808年）正月，授台湾水师协副将，同年六月迁浙江定海镇总兵，后因歼灭蔡牵同伙骆亚卢，且该年十二月浙江水师提督何定江病故，巡抚阮元遂保荐邱良功补授，于隔年正月十六日（1809年3月1日）任浙江水师提督。上任提督之后，邱良功积极对付蔡牵势力，于浙江沿海建立军情系统，于嘉庆十四年（1809年）八月掌握到蔡牵行踪，遂率师出击，鏖战两昼夜，后福建提督王得禄率福建水师前来支援，蔡牵眼见不敌，自沉座船，后来因立此功，邱良功受赐封三等男爵，任浙江水陆提督。
嘉庆二十二年（1817年），邱良功入京觐见，八月三十日（10月10日）回程途经江苏省甘泉县维扬时，不幸病逝，消息传回京城后，追授建威将军，谥刚勇，赐墓葬。
