十三年战争发生于1454-1466年，是普鲁士邦联与波兰王国结盟共同对抗条顿骑士团国的战争。1454年，普鲁士地区的城市起义和当地贵族争取独立的斗争引发了战争。战争开始后，普鲁士邦联求助于波兰国王卡齐米日四世，并提出条件，同意将普鲁士并入波兰王国。波兰同意支持普鲁士邦联，与骑士团的战争随即爆发。
十三年战争以波兰与普鲁士邦联的胜利而告终，他们与骑士团签订了第二次托伦和约(1466)。随后，教士战争爆发（1467-1469），这次战争是因为波兰与骑士团关于瓦尔米亚采邑主教区独立问题的争执引起的。
在15世纪，普鲁士的各城镇处于经济快速发展时期。条顿骑士团的统治在当地人看来是不合时宜，高昂的关税和粮食专卖制度（进行粮食贸易的商人必须缴纳大批金钱购买专卖权）阻碍了当地经济的发展。与此同时，当地贵族更渴望在乡村的发展中获得更多权力。骑士们被认为侵犯了贵族和城市的特权。当地手工业者也因为要与随骑士团而来的德国工匠竞争而心存不满。卡舒比人、波兰人、德国人和古普鲁士人渐趋融合，各民族间的差异也在逐步消失，各种族的目标渐趋一致，同时，政治态度也更倾向波兰。
1397年，普鲁士的骑士建立了一个秘密组织――“蜥蜴同盟”（Lizard Union），对抗条顿骑士团，后来由于得不到城镇居民的支持而失败。在1409-1411年战争期间，波兰-立陶宛联盟于格伦瓦德之战取胜后，普鲁士人立即宣布向波兰国王雅盖沃二世效忠。不久，波兰军队受挫于马尔堡城堡的坚城之下，被迫退兵，普鲁士人重新回到了骑士团的统治之下。战后的《第一次托伦和约》有一项条款规定，若条顿骑士团违反和约，普鲁士人有权利进行反抗。在随后的一系列战争中，普鲁士人都是持反对态度的，并且迫使条顿骑士团的大团长寻求和平。1440年2月21日，一些普鲁士城市由贵族与教士领导成立了“普鲁士邦联”，其中最主要的城市有托伦、库尔姆（海乌姆诺）、埃尔布隆格、但泽。
在1452年，普鲁士联盟请求神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世调解与条顿骑士团之间的冲突。1453年12月5日，腓特烈三世敕令普鲁士邦联必须服从条顿骑士团的命令，遭到邦联的反对。面对这种形势，普鲁士邦联在托伦、波美拉尼亚、库尔默兰(Culmerland)等地贵族的要求下求助于波兰。并得到波兰国王卡齐米日四世之母索菲亚(Sophia of Halshany)的支持。但颇具影响力的克拉科夫大主教Zbigniew Oleśnicki却表示反对，并企图阻止战争的爆发。
1454年1月，当波兰国王卡齐米日四世与哈布斯堡王室联姻之时，普鲁士请求将其并入波兰王国，卡齐米日四世要求普鲁士联盟提交一份正式的请愿书。1454年2月4日，普鲁士邦联秘密议会向条顿骑士团大团长递交了一份表示反抗的正式文件。两日后，普鲁士邦联开始起义，起义很快蔓延至普鲁士全境。除了马林堡、什图姆、霍伊尼采等地之外，普鲁士所有的城市都脱离了条顿骑士团的统治，起义者捣毁他们所占领的骑士团城堡。1454年2月10日，普鲁士联盟派出一个正式的代表团到波兰，请求波兰国王卡齐米日四世接收普鲁士。1454年3月6日，波兰国王卡齐米日同意将普鲁士收归版图，普鲁士联盟向国王宣誓效忠。在同一日，波兰国王同意给予普鲁士的城市和贵族广泛的特权。三日后，代表团团长Johannes von Baysen被波兰国王任命为第一任普鲁士行政长官。4月15日后，除瓦尔米亚主教区外，普鲁士所属地区都向新统治者宣誓效忠。1454年2月22日，波兰王国向条顿骑士团国宣战，双方都预期战争能在短期内结束。
1454年，尽管卡齐米日四世以波兰国王的身份兼任立陶宛大公，但波兰与立陶宛之间发生了冲突。立陶宛在战争期间并没有向波兰提供有效的援助。当然，有部分原因是由于立陶宛受到莫斯科公国和已于1453年攻陷君士坦丁堡的奥斯曼帝国的威胁。
国际形势对波兰也是有利的，没有外来的势力干涉这场战争。由于波希米亚在胡斯战争中受到重创而变得衰弱，短期内无法解决的内部冲突使其无暇顾及波兰与条顿骑士团的战争。尽管汉萨同盟对普鲁士城市持同情态度，但由于条顿骑士团给予了他们额外的特权，汉萨同盟转而支持条顿骑士团。利沃尼亚骑士团因为与丹麦的矛盾，无力支援条顿骑士团。瑞典与丹麦发生冲突，双方都对“十三年战争”中的双方持中立态度。法兰西与英格兰在经历了百年战争后变得衰弱了，而且英格兰又陷入了内战当中（玫瑰战争）。勃艮第、法兰德斯、尼德兰公爵“好人”腓力正忙于整合其治下领土，企图建立一个独立的勃艮第王国。教皇尼古拉斯五世更关注如何抵挡奥斯曼帝国的西侵。
当时波兰军队主要是来自于各级贵族，国内所有贵族在得到国王召令后必须带同其领地内的管理人员应征入伍。城市则负责提供马匹、粮食和运送补给。战斗的单位分为两个来源，一是来自于一些大的古老宗族，一是来源于拥有领地的贵族和骑士。同时，波兰国王也会临时征召大量农民充当步兵。波兰军队总计约为30000人。
5世纪初，波兰王国也开始使用雇佣兵，他们通常来自战斗于“圣乔治十字”(St George's Cross)旗下的人，这些人大多数来自波希米亚。“圣乔治十字”旗通常是白底红十字或红底白十字，后者通常用于波希米亚人同时出现在敌对双方的阵营中，以此用以相互区别。波兰军队通常使用塔波尔派军队的常用战术，这是一种学自波希米亚人的重要战术。波兰军队装备了射石炮，这是一种原始的加农炮，但在战场上的作用十分有限；同时，他们大量装备弩，这种制式武器若能运用得当，能在战场上造成大量杀伤。
普鲁士的军队由城市提供的征召兵组成，总数约有16000人，另外还有少量的武装农民。他们装备的火炮比波兰军队多。普鲁士联盟还拥有一支小型舰队，由武装商船和雇佣自其他城市的私掠船组成。
条顿骑士团在1454年失去了大多数的军械库，但仍组织起由骑士和武装农民组成的军队，但大部分军队仍是雇佣军，主要来自德意志和波希米亚。
波兰成功地迫使耗尽力量的条顿骑士团重新要求谈判。新的调停人是教皇庇护二世。双方于1466年10月10日签订了《第二次托伦和约》。条约规定，西普鲁士成为波兰王国的一个自治省，此地区即以后的皇家普鲁士。瓦尔米亚大主教区归属波兰王国。东普鲁士仍由条顿骑士团控制，但是条顿骑士团成为波兰国王的臣属，骑士团的大团长担任波兰色姆（议会）的议员。此条约后来引发了教皇庇护二世与神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世的争论。
