尼日利亚人权受该国1999年现行宪法保护。虽然尼日利亚根据该宪法在人权方面做出了重大改进，但还有需要进一步改进的领域，其中包括博科圣地的虐待、政府部队的杀戮、缺乏社会平等和言论自由问题。人权观察的2015年世界报告指出，尼日利亚人权在博科圣地加大暴力和政府腐败之下继续遭到破坏。
尼日利亚自1960年独立到1999年民主化期间，共发生了七次军事政变，产生了七届军政府，其中便有以严重侵犯人权而著称的易卜拉欣·巴班吉达政权。尽管尼日利亚一直积极加入国际人权条约，但这些条约在国内的实施却遇到了挑战。尼日利亚于1979年采用总统制，但实际上是在二元制度下运作，除非得到尼日利亚立法机构的批准，否则不能适用国际条约。
尼日利亚宪法保护公民和政治权利，《非洲宪章》等国际条约也将保护范围扩大到文化、社会经济和群体权利。但因尼日利亚宪法是最高法律，尼日利亚最高法院往往以有利于宪法的方式解决冲突，因此限制了潜在人权的扩展。
当巴班吉达将军于1985年掌权并废除了将发布任何被认为有损政府利益的材料定为犯罪行为的1984年第4号法令时，人民和媒体重新燃起了对言论自由的希望。在巴班吉达政权内部，出现了一段政治宽容时期。然而，当该政权开始监禁批评者并解雇不宣扬他们的观点和理念的政府职员时，这种对人权的短暂宽容期就结束了。与尼日利亚后殖民历史上的任何其他政权相比，该政权关闭了更多的报纸并取缔了更多组织。
尼日利亚的记者经常受到恐吓和被国家安全局进行涉及监禁威胁的“谈话”。报纸不断被关闭。1990年，The Republic、Newbreed、Lagos Daily News、The Punch等报社相继被联邦政府关闭。虽然尼日利亚1999年新宪法中赋予公民的言论自由权利，但诽谤法随后获得通过。批评人士认为，尽管新闻自由的情况有所改善，但仍有改进的余地。尼日利亚在自由之家发布的2011年新闻自由报告中被描述为“部分自由”。
2020年4月26日，无国界记者发布的新闻自由指数中尼日利亚排于第115位。无国界记者对此排名给出了杀害、拘留和虐待记者以及尼日利亚政府有针对性地缩小公民自由空间等理由。这个排名高于透明国际在今年早些时候就腐败问题给予尼日利亚146的排名。无国界记者报告进一步指出“虽然尼日利亚拥有百余家独立媒体，是享有真正媒体多元化的非洲国家，但媒体却很难将议题发展到涉及政治、恐怖主义或贪污腐败等问题上。”
2020年7月24日，联合国官员敦促尼日利亚当局立即释放著名的人权捍卫者穆巴拉克·巴拉（Mubarak Bala），他因亵渎神明而被拘留了两个多月。
2020年9月下旬，联合国人权专家敦促尼日利亚当局释放歌手 Yahaya Sharif-Aminu，后者因涉嫌亵渎神灵的歌曲而被定罪并被判处死刑。联合国人权特别程序小组声称，一群人于3月4日烧毁了歌手的家。
2021年6月4日，尼日利亚总统穆罕默杜·布哈里发布的一则推文被Twitter以煽动暴力和人身威胁的理由而遭删除后，尼日利亚联邦政府宣布禁止使用Twitter。
尼日利亚安全部队经常被指控进行任意逮捕、酷刑、强迫失踪、暗杀和法外即决处决。这些滥用行为通常发生在尼日利亚政府的安全行动范围内，或者针对政治和宗教组织和个人。安全部队多次发动大规模杀害政治反对派和煽动者的事件。
2020年3月，在博尔诺州难民营食物短缺时期，一些尼日利亚军队士兵将妇女单独设置带至附属难民营中，用强奸等性剥削的方式给予妇女食物。自2015年以来，这些难民营食物短缺还导致数千人死亡。2020年4月4日，三名陆军士兵因威胁强奸妇女而在拉各斯州被捕。2020年5月21日，两名拉各斯州陆军逃兵 Kehinde Elijah 和 Ezeh Joseph 因参与 2020 年 5 月 10 日谋杀一名警官而被捕。随后被军方拘留的枪手也被逮捕。
在尼日利亚，尼日利亚警察部队通常被视为效率低下和腐败。尼日利亚联合特遣部队（JTF）对博科圣地袭击事件做出了不充分和暴力的反应。联合特遣部队在未经公平审判的情况下杀害嫌疑人，并随机杀害涉嫌支持博科圣地的社区成员。这种粗暴的做法侵犯了人权，因为它无法获得公平审判并使用歧视性技术来确定暴力犯罪者。
尼日利亚的警察在工作中存在包括敲诈勒索和挪用公款在内的大量腐败和违法行为。也有警察在无法律授权的情况下收取公民过路费。警察未能平等保障公民所拥有的权利，富人可以通过贿赂警察从而获得保护伞。
2019年8月2日，尼日利亚警察部队反邪教小组的两名警官Ogunyemi Olalekan探长和Godwin Orji中士在拉各斯的一次突袭中被捕并被控谋杀一名男子。2019年8月21日，四名反抢劫特别小组特工在光天化日之下枪杀两名涉嫌窃听电话的嫌疑人后，被捕并被指控犯有谋杀罪。
2020年1月5日，三名尼日利亚警察以拒绝解锁手机为理由，殴打了一名名叫奥巴西的巴士乘客。2020年4月3日，一名尼日利亚警察因袭击一名港口工人而被捕。 2020年4月18日，尼日利亚警方表示，两名警察因殴打一名女子被捕
2020年4月28日，尼日利亚警察部队的河流州警察司令部在法庭上传讯前警长Bitrus Osaiah，罪名是在上周突击搜查街头交易和非法停车场时射杀了他的女同事Lavender Elekwachi。前日，奥赛亚因杀害同样拥有中士军衔的埃列克瓦奇而被降级为警官。据报导，奥赛亚实际上因杀人被捕。2020年5月21日，Ilemba Hausa 分区警官 Yahaha Adeshina 因协助 Kehinde Elijah 和 Ezeh Joseph 于 2020 年 5 月 10 日谋杀了 Onalaja Onajide 中士而被捕。三人都因“暴力犯罪”而被通缉。2020年5月30日，两名拉各斯警察因射杀一名16岁女孩而被捕。
尼日利亚警察会通过勒索当地居民获利。2019年7月30日，三名阿南布拉州警察因勒索三位平民而被捕。2019 年11月10日，尼日利亚警方发表声明称，安全公路巡逻人员Onuh Makedomu 在被拍到在拉各斯接受一名驾车者的贿赂后被捕。2020年3月9日，来自拉各斯的两名尼日利亚警察、助理警司Adebayo Ojo 和Adeleke Mojisola警长均因敲诈勒索一名妇女而被捕。2020 年 4 月 11 日，拉各斯Taloju Martins督察在被拍到勒索驾车者后被捕。2020 年6月3日，阿达马瓦州警局宣布，其一名警官因谋杀一名拒绝向他行贿的摩托车驾驶者而被捕。
2020年7月31日，尼日利亚警察部队河流司令部的检查官彼得·埃巴（Peter Ebah）因在河流州泰伊地区的一个检查站强奸一名未戴口罩的妇女而被捕。截至2020年9月9日，他仍因强奸罪被拘留。尼日利亚警察在阿布贾强奸了于2019年4月因在夜总会从事非法活动而被捕的65名妇女中的一些，因为她们拒绝向警察行贿以获释。
2020年10月22日，尼日利亚总统穆罕默杜·布哈里在公开讲话中证实，尼日利亚备受争议的反抢劫特别小组（SARS）已被解散，以响应广泛的EndSARS抗议活动的要求。他还指责SARS的一些成员在该部队运作时犯下了“过度使用武力的行为”。计划以勒索、强奸和谋杀罪起诉一些前反抢劫特别小组成员。
许多尼日利亚人长期以来一直指责这个有争议的警察部门犯有敲诈勒索、强奸、酷刑和谋杀的行为。2020年10月21日，联合国秘书长安东尼奥·古特雷斯发表声明批评尼日利亚当局，因为在拉各斯的暴力升级中，许多抗议者被枪杀。国际特赦组织报告说，至少有12人被枪杀，但政府在10月份确认只有两人死亡。11月，政府承认警方在莱基进行了实弹射击。2020年12月，政府确认有51名平民、11名警察和7名士兵在警民冲突中丧生。抗议者要求警察改革，莱基收费站已成为尼日利亚人的口号。
尼日利亚被认为是世界上腐败程度最高的国家之一。尤其是政府公务部门，包括窃取公共资金和收受贿赂。据估计，从1999年到2007年，该国每年因腐败而损失约4-80亿美元。
政客们经常利用公共资金来推进他们的政治生涯，并收买帮派以帮助他们操纵选举。1999年、2003年和2007年军事统治结束以来的选举是血腥的，并被公开操纵。 2007年，投票箱明显被有偿的流氓塞满，在某些情况下，选举结果是捏造的。人权观察估计至少有 300 人因 2007年选举而丧生，据人权观察2007年3月电话采访尼日利亚国家选举主任德里克·马可引述，这被认为是保守估计。这些措施暴力和恐吓阻碍了公众投票，那些出来投票的人会受到雇佣团伙的袭击。
目前的尼日利亚第四共和国加强了反腐败法律。作为其努力的一部分，政府于2000年代初成立了独立腐败行为委员会（英语：Independent_Corrupt_Practices_Commission）和尼日利亚经济和金融犯罪委员会（英语：Economic_and_Financial_Crimes_Commission）。然而，由于之前的腐败制度化，反腐败斗争仍在进行中。这些反腐败机构已试图解决这个问题，但在惩罚已定罪的罪犯方面显得相当宽松。前埃多州州长拉基·诺萨哈雷·伊比尼迪恩承认挪用了 29 亿奈拉（约合2420 万美元）。然而，他与EFCC达成了认罪协商，通过缴纳350万奈拉（约2.9万美元）罚款以逃脱服刑。截至2015年1月，许多高级政客仍未受到调查，只有低级官员被捕。
2015年，新当选的尼日利亚总统穆罕默杜·布哈里开始打击尼日利亚的腐败问题。2018年5月，尼日利亚经济和金融犯罪委员会（英语：Economic_and_Financial_Crimes_Commission）宣布自2015年布哈里总统上任以来，已有603名尼日利亚人因腐败指控被定罪。 尼日利亚经济和金融犯罪委员会（英语：Economic_and_Financial_Crimes_Commission）宣布，尼日利亚历史上首次有法官和高级军官，包括退休的政府首长，正因腐败而受到起诉。2020年1月，透明国际的贪污感知指数将尼日利亚在180个国家中排名第146位。 尽管社会抗议警察的暴行，但社会还是呼吁政府增加警察工资，以便他们能够将“保障公民生命财产安全得到充分补偿”作为其五项诉求之一。
在未做适当补偿和搬迁准备，在未经他们同意和违背其意愿的情况下，将人员暂时或永久地从其正常居住地的家乡强行驱逐是侵犯人权的行为。这增加了国家流民、难民等失居问题。在包括尼日利亚在内的一些非洲国家，各级政府继续在没有足够补偿的情况下强行驱逐人们。就规模和总人口百分比而言，该国在撒哈拉以南非洲拥有最大的城市贫民窟人口，住房权利和驱逐中心（英语：Centre_on_Housing_Rights_and_Evictions）将尼日利亚标记为一贯违反住房权利的国家。
2000年至2009年间，尼日利亚政府累计强制驱逐了超过200万人。2003-2015年间仅在拉各斯州，便有Makoko Yaba、Ijora East、Ijora Badiya、PURA-NPA Bar Beach、Ikota Housing Estate、Ogudu Ori-Oke、Oshodi 的 Mosafejo、Agric-Owutu、Ageologo-Mile的社区12、Mile 2 Okokomaiko等社区居民被以开发为幌子遭到强行驱逐。2000年7月至9月期间，阿布贾至少有5万人在没有事先通知或没有足够的替代住所的情况下被驱逐。政府声称驱逐是为了拆除破坏阿布贾发展总体规划的社区和定居点。
在尼日利亚拉各斯州，随着人口持续飙升造成住房短缺，强制驱逐的主要目的是开垦土地和建造豪华公寓。然而这滋生了歧视和不平等，因为豪华公寓不能满足普通民众的任何住房需求。2016年7月，拉各斯州滨水基础设施发展部在发出72小时通知后，将Makoko的居民强行驱逐，Makoko是一个由六个村庄组成的滨水社区 - Oko Agbon、Adogbo、Migbewhe、Yanshiwhe、Sogunro 和 Apollo，没有法庭命令。这导致估计有 30,000 人无家可归。Makoko是世界银行2亿美元资助的拉各斯州政府拉各斯城市发展和治理项目（LMDGP）的目标九个社区之一，用于城市化、废物管理、排水和供水。据说这个社区已经存在了100多年，最初是邻国多哥和贝宁的渔民聚居地。
2013年2月，拉各斯州巴迪亚社区至少有266座被用作住宅和企业的建筑物被州政府拆除。2013年4月商定的移民安置行动计划没有明确的补救措施来充分安置移民。巴迪亚是在世界银行资助的2亿美元拉各斯大都会发展和治理项目（LMDGP）中，从贫民窟升级为城市化的社区之一。该项目规定了最低限度的非自愿移民，在绝对必要的情况下，必须与居民讨论并同意，包括充分的通知、补偿和明确的移民安置计划。.
2016年至2017年间，渔民社区 Otodo-Gbame 和 Ilubrin 社区在被发出书面驱逐通知12天后遭强行驱逐，造成人员死亡。2017年1月，法院颁发禁止强行驱逐的禁令，但在2017年3月17日，海滨社区伊泰多内有超过3万5千居民在清晨被强行驱逐，甚至有些人还未睡醒。2019年，联合国适足住房权问题特别报告员要求尼日利亚政府宣布在全国范围内暂停强制驱逐。
2020年1月20日，政府因塔夸湾的一个海滨社区居民通过沿海滩的管道盗窃石油，被保安人员强行驱逐。
博科圣地是一个伊斯兰恐怖组织，主要攻击政府官员、基督徒和公开反对他们的行为或被认为帮助政府的“叛徒穆斯林”。恐怖袭击主要集中在尼日利亚东北部。 博科圣地曾杀害平民、绑架妇女和女孩、强行征兵、采用童兵，曾摧毁房屋和学校。
2014年4月14日，博科圣地绑架了北部奇博克镇一所中学约230名女学生，该事件引发国际关注。博科圣地领导人阿布巴卡尔·谢考声称这些女孩已经皈依了伊斯兰教，并威胁要将她们作为妻子或奴隶以每人12.50美元的价格卖给博科圣地成员。博科圣地还袭击了约贝州的学校，迫使数百名年轻人加入他们的部队，并杀死了那些拒绝加入的人。
2015年1月3日至7日，博科圣地武装分子占领并夷平了巴加镇，据报导在巴加大屠杀中博科圣地至少杀死了150人。
根据联合国儿童基金会的一份报告，博科圣地在2013年至2018年期间绑架了1,000多名儿童，其中包括276名奇博克女学生。超过100名女学生仍然处于失踪状态。
2020年12月2日，尼日利亚东北部发生残酷屠杀，博尔诺州76名农民遇难，博科圣地圣战分子宣布为此事负责，目的是为报复帮助过尼日利亚军队的农民。
尽管1999年宪法给予女性保护，但尼日利亚妇女的人权保障仍遭受侵犯。不管尼日利亚上级法院是否有机会处理违宪问题，妇女并不经常使用这一选择，因此，继续发生许多违法行为。
女性拥有享有一定程度的参与经济活动的自主权，但从社会角度来看，男性通常控制着土地和金钱。根据她们与重要男性的关系，受过教育的女性可能享有更高的社会地位。教育为许多女性提供了获得工资劳动的机会，而这通常不受男性直接控制，但女性往往仍受到社会期望和界限的限制。即使女性有就业机会，尼日利亚的社会传统也默认家庭妇女才是女性应承担的主要角色。
在尼日利亚，寡妇往往会面临不公，承受着非人权的文化压力。在守寡实践中，文化要求当社区中的重要人物去世时，他的遗孀必须按照 Akpo Offiong Bassey 在她对克罗斯河州的研究中记录的某种方式行事。在一些尼日利亚部落文化中，寡妇最初必须隐居，不允许他们淋浴或换衣服，必须在身上擦牛粪和棕榈油，还必须睡在地板上。寡妇也应该穿着意指哀悼的黑色衣服，守寡两年来表达她们对已故丈夫的悼念和尊重。
除了哀悼之外，寡妇还有涉及生活状况和财产处理的担忧，在大多数情况下，长子而不是寡妇继承了全部财产。女性在文化上被视为财产，可以像丈夫的其他财产一样被继承。寡妇是否可以继续居住在财产上，取决于她与长子的关系，如果没有儿子，则取决于她丈夫的最大男性亲属，也有女性在退还彩礼后必须返回婚前住所的情况。缺乏足够的财产权使得这些女性在单身、已婚或丧偶时依赖男性。
尼日利亚妇女也面临警察和社会的虐待。2019年4月27日，联邦首都特区警方突击搜查了联邦首都特区的夜总会，并逮捕了一些女性。事后，警察对这些遭拘留的女性实施了不人道的罪行。这一行动引发人权团体的广泛谴责，并呼吁释放她们并起诉这些官员。
尼日利亚5至14岁的儿童中有31%（约1400万名儿童）是在各个部门从事强迫劳动的童工。据国际劳工组织称，估计尼日利亚有超过1500万的童工。根据该部的童工或强迫劳动生产的商品清单，可可、木薯生产等农业部门以及砂石采矿业中都观察到了童工现象。
尼日利亚的特点是有许多小农场，在农场经营中主要依赖家庭劳动力。在尼日利亚，大多数童工出现在非正规农业部门。生活在尼日利亚农村地区的儿童中有50%以上没有上学，每周工作时间超过20小时。
早婚在尼日利亚很普遍，尤其是在北部的穆斯林中，因为贫困和人们认为早婚可以防止滥交。许多女孩在15岁时就结婚，有些女孩早在9岁就结婚。这些女孩极易受到疾病和家庭暴力的影响，她们生育的年龄过早和受教育的不足限制了她们照顾孩子的能力。
1991年首次提出并于2003年成为国家法律的《儿童权利法》规定，在涉及儿童的所有事项中，可以提交法院进行裁决，儿童的最大利益是最重要的考虑。在保护儿童免受虐待和歧视的其他因素中，该法案第21条和第23条规定，未满18岁的儿童结婚是非法的。如果丈夫与女童完婚，则被视为强奸。
《儿童权利法》与某些州的伊斯兰教法以及不同地区的习俗和文化相冲突。尼日利亚36个州中有13个州尚未颁布《儿童权利法》，这些州的其他文化和宗教因素在很大程度上影响了已颁布的法律。即使在法律禁止童婚的州，这些法律也一直无法发挥作用，因为仍有许多童婚案例。
自1960年尼日利亚独立以来，少数民族一直在争取平等权利。少数民族之间的许多紧张关系源于尼日利亚的联邦制度，许多少数民族认为政府结构偏向于支持三大民族：北部的豪萨族、西部的约鲁巴人和东部的伊博族。他们认为该联合不包括少数民族，这导致少数民族被边缘化。
自尼日利亚独立以来，少数民族联合起来要求组建新的州，将州的数量从1967年的12个增加到目前的36个，试图削弱占主导地位的少数民族的地区权力。然而，这只会导致较小的少数民族被国家内更强大的少数民族进一步边缘化。此外，权力分享机制的有限存在意味着尼日利亚的国家领导权仍然掌握在多数族裔群体的手中。近来，由于卡杜纳州沿宗教路线的社区不断受到袭击，该州的南部和北部聚集在一起，寻求为双方建立一个新的州。北部同意为他们保留卡杜纳州，而南部则要求为他们建立古拉拉州。建立新州和新部门的呼声可以追溯到该国不同地区联邦和州政府的长期边缘化。
尼日利亚宪法规定尼日利亚是一个世俗国家。宪法禁止设立国教，并保障宗教自由。尼日利亚的人口主要由国家南部的基督徒与北部的穆斯林构成，以及少数传统宗教信徒。尽管宪法中有明确规定，尼日利亚的公共假期尊重基督教和穆斯林的节日，但不针对任何其他宗教的节日。政府只资助基督徒和穆斯林朝圣，并只允许在学校进行基督徒和穆斯林宗教教育。
自2000年1月以来，几个北方州已将伊斯兰教法制度化。伊斯兰教法的颁布因其侵犯了基本权利而引起争议，例如这些州内的少数群体信奉其宗教的权利、生命权以及免受残忍和不寻常惩罚的自由。
从历史上看，尼日利亚宪法允许伊斯兰教法法院对某些案件具有管辖权，但其管辖权仅限于伊斯兰属人法或家庭法事务。北方的几个州政府将伊斯兰教法扩大到刑事犯罪，从而违反了宪法对官方宗教的禁止。这些州依赖于一项宪法条款，该条款允许伊斯兰教法法院在引入伊斯兰教法刑法时行使国家赋予它的其他管辖权。尼日利亚某些州实施伊斯兰教法侵犯了穆斯林和非穆斯林的权利。愿意接受宪法审判的穆斯林不能这样做，非穆斯林被剥夺自由信奉宗教的权利。
伊斯兰教法刑法的严苛刑法引发外界关注。在公民权利及政治权利国际公约中允许死刑，但应以最小痛苦、只适用于故意造成致命后果的严重犯罪。根据伊斯兰教法，通奸会被处以石刑，这违反了《公民权利和政治权利国际公约》规定的两个要件。
