商周祚，字明兼，号等轩，绍兴会稽人。明朝官员。
万历二十五年（1597年）中举人，二十九年（1601年）中进士，授邵武县令。入京，累官太仆寺少卿，万历四十八年，擢都察院右佥都御史，巡抚福建，任内不征民间一钱，抗击倭寇，擒斩盗贼。1622年，荷兰人占据澎湖，商周祚私下答应荷兰舰队司令雷约兹（Cornelis Reijersz），只要撤出澎湖，就允许他们在台湾贸易。最后商周祚命令南路副总兵张嘉策强行要求荷兰人撤返，“但师行粮从，无饷则无兵。”张嘉策被朝廷革职查办，改由俞咨皋接任。
天启三年二月，朝廷以南居益取代商周祚出任福建巡抚。天启五年（1625年），任兵部右侍郎，两广总督。次年升任兵部尚书，以母年老，请求归养，乡居十载。崇祯十年（1637年），复任都察院右佥都御史。不久因屡违圣意被革职，返归故里。南明弘光政权时担任吏部尚书，于1646年（清顺治三年，明隆武二年、鲁监国元年）六月降清。女儿商景兰嫁祁彪佳。
商周祚墓地在绍兴县兰亭镇联合村（今浙江省绍兴市柯桥区兰亭街道联和村），其墓地在文革前还保存完好，规模极大，墓前有一甬道，一个墓道牌坊，两侧摆放着石人、石马、石虎、石羊、石狮各一对，后毁于文革。
