药学史（英语：History of pharmacy）是在19世纪（大约1830年代）才开始被当作一门独立的科学项目。自古以来，药学在发展上一直被当作是医学的一部分。药学史与医学史的发展相当吻合，但两者并不相同。在学术领域，制药受到非常广泛的研究，但和药物对世界的影响相比，与药学相关的历史资料却相当稀少。在药剂师的角色出现之前，已有配药师傅（英语：Apothecary），连同教士和医师，一同从事照顾病患的工作。
药用植物的考古研究证明，史前人类就已经使用到药用植物。例如，在伊拉克北部库德斯坦地区（Iraqi Kurdistan）的沙尼达尔洞穴（英语：Shanidar Cave）中就发现有草药的存在，在泰国北部的鬼神洞中发现有槟榔果（英语：areca nut）（Areca catechu）的残留物。:8史前人类根据本能，观察鸟兽的行为来学习运用药物的技术，用凉水、树叶、尘土、或是湿泥当作舒缓剂。
所谓古代史，根据欧洲历史界的划分，所包含的是从人类有书写记录开始，一直到后古代史时期（即第五世纪中世纪开始之前）的那段时间。
在美索不达米亚的苏美尔人用楔形文字在泥板上把药物处方记下(苏美尔文明的开端可以追溯至公元前4,500年，在约公元前2000年结束）。古埃及的药理知识散记在各种莎草纸制作的书写材料上，例如公元前1,550年的埃伯斯纸草卷，包含有1,100页，内有约800种处方，700种药物（主要是植物），另外一份是在公元前1,600-1,700年间完成的医学论文集-艾德温·史密斯纸草文稿。
美索不达米亚人最初的文字记载，或是药学著作都书写在泥板上。一些文本包括配方、制粉、泡制（英语：infusion）、煮沸、过滤、和涂敷的说明；其中也提到草药。在美索不达米亚的一个独立城邦-巴比伦的遗迹中，留有当时关于药房的线索。在当时有教士、医生、和配药师傅一起照顾病患。
在古希腊，医生和草药师傅两者并不相同。草药师傅负责提供原料（包括植物）给医生制作药物。根据爱德华·克雷默斯（Edward Kremers，威斯康辛大学麦迪逊分校药学教授）和美国药学史学者格伦·桑内德克（Glenn Sonnedecker，）的说法，"在古希腊的希波克拉底（医学史上杰出人物之一，今人多尊称之为“医学之父”）的时代之前、同一个时代、还有之后的时代，都有一批药用植物专家。这些人物中最有代表性的是狄奥克勒斯 (卡鲁斯图斯)（公元前4世纪）。所有在泰奥弗拉斯托斯（公元前4世纪）和迪奥斯科里德斯（公元1世纪，这位先生是罗马军队的希腊医生）两位时期之间的希腊药物治疗论文，都被认为曾引用过狄奥克勒斯 (卡鲁斯图斯)的作品内容。"
迪奥斯科里德斯在公元60年至78年间:21-22撰写的《药物论》，共有五卷，书中涵盖600多种植物，并创造出药物（药物论）（英语：materia medica）这个名词。这部作品是许多中世纪文献的基础，并在伊斯兰黄金时代（公元8到13世纪）被许多中东地区的科学家作为基础，而发展出日后的阿拉伯药学著作。:21-22
已知最早的中文药物作品是神农本草经，在公元1世纪的汉朝时编纂，传说是神话人物神农氏所作。被发现在公元前168年陪葬在马王堆汉墓的"五十二病方（英语：Wushi'er Bingfang）"手稿，则载有治疗某些疾病的处方。
印度传统医学中最早的药物汇编可追溯到公元3或4世纪（源自公元前6世纪左右的妙闻，和妙闻相关的文字作品-为数6卷的Sushruta Samhita（英语：妙聞本集））。
在土耳其的以弗所的古代希腊阿斯克勒庇俄斯医愈神殿遗址中（神殿建筑最早始于公元前4世纪），有一个代表药房的石碑，上面的浮雕，刻有一个三脚架，一个磨药钵，还有一个杵，都是供医生使用的器物。以弗所在古希腊以其医学教学，还有医学的专业而闻名。
在日本，飞鸟时代（公元538年到710年）的晚期，到奈良时代初期（710年到794年），担任与现代药剂师傅功能相似的男性受到极高的尊重。在《大宝令》（701年）中，对于药剂师傅在社会中的地位有明确的规定，在《养老律令》（718年）中再度叙明一次。这类人在平安时代以前的朝中享有明确的官阶；这种安排一直延续到到明治维新（公元1868年）开始为止。在这种稳定的官阶体系中，药剂师傅，甚至是药剂师傅助理的地位都比医生，还有针灸师的地位要高。在皇室中，药剂师傅的地位甚至高过天皇的两位御医。
阿拔斯王朝统治下的巴格达（当时为伊斯兰黄金时代-公元8世纪到13世纪（也有说是到15世纪）之间），首家药房在公元754年设立，到9世纪，当地的药房都受到国家的监管。
中世纪的伊斯兰教医学，由于当时在植物学和化学大有进展，也促成药理学的大幅进步。例如，拉齐（生卒年公元865年和915年）致力促进化合物作医学用途。 宰赫拉威（生卒年936年和1013年）率先透过升华和蒸馏方法制药。他的一部著作被翻译为拉丁文（书名为Liber servitoris ），这部作品甚为有名，因为它把配方提供给读者，并解释如何调制"简单原料"，再进一步组合成通用的复方药物。但是Sabur Ibn Sahl（英语：Sabur Ibn Sahl）（卒于869年）才是首位撰写药典，记载各式药物和疗法的医生。 比鲁尼（生卒年973年和1050年）则撰写名为Kitab al-Saydalah（《药物之书》）的著作（一部重要的伊斯兰药理学著作），他在书中把药物性质详细叙明，并把药物的功能和作用，以及药剂师的职责作概述。伊本·西那（西方则用Avicenna之名称呼他）也对700多种制剂的性质、作用方式、和适应症作描述，他的著作《医典（英语：The Canon of Medicine）》专门研究简单药物，著作内容包含当代伊斯兰世界的医学知识，而这些知识则受到古罗马医学（英语：Medicine in ancient Rome）、古伊朗医学（英语：Ancient Iranian medicine）、中医学、和阿育吠陀（印度医学）的影响。马里迪尼（英语：Masawaih al-Mardini），以及伊本·瓦菲德（英语：Ibn al-Wafid）（生卒年1008年和1074年）的著作也有重大影响，他们著作翻译为拉丁文后，再版超过五十次，马里迪尼使用笔名Mesue the Younger撰写《通用和特殊药物（De Medicinis universalibus et particularibus）》，而伊本·瓦菲德则用Abenguefit的笔名撰写《简单的应用（Medicamentis Simplicibus）》。13及14世纪的意大利学者阿巴诺（英语：Pietro d'Abano）（生卒年1250年和1316年）翻译马里迪尼的作品，并以《 De Veneris》为标题增补内容。在10世纪的波斯医生 木瓦法克（英语：Muvaffak）在药学也有开创性的贡献。他著作中的《药物真正性质的基础（ The Foundations of the True Properties of Remedies）》对三氧化二砷（即砒霜）有描述，并熟悉原硅酸的性质。他明确把碳酸钠和碳酸钾区分开，并提请世人注意铜化合物（尤其是硫酸铜）和铅化合物的毒性。他还描述从海水获取蒸馏水供饮用的事。
西罗马帝国在5世纪灭亡后，由于希腊医学文献丧失，又墨守成规，欧洲的医学因之衰落，但在意大利南部的萨莱诺一带仍由拜占庭所控制，并在当地建有一所医院以及医学院，两者在11世纪享有崇高的声誉。:30
在11世纪初期，一位在萨莱诺名为Constantinos Africanus（英语：Constantine the African）的学者把许多阿拉伯语书籍翻成拉丁文，推动从古希腊希波克拉底的医学方法，转向古罗马医学家及哲学家盖伦（生卒年129年和200年）所倡导，以药物为主的的疗法。:30中世纪欧洲的僧侣通常不谙希腊语，在Constantinos Africanus开始翻译阿拉伯语书籍之前，只有老普林尼等的拉丁文字作品可用。:30此外，由于中世纪的伊比利亚半岛（请参考安达鲁斯）由穆斯林统治，阿拉伯医学也甚为普遍。:30
到15世纪，印刷机的发明促成医学教科书和配方广为流传； Antidotarium Nicolai（英语：Antidotarium Nicolai）是第一部由印刷机印出的药物配方。:30
在欧洲，类似药房的商店在12世纪开始出现。 在1240年，神圣罗马帝国的腓特烈二世下令，医师和药剂师分开为不同的职业。:30
在1317年，一间方济各会修道院内的药房成立（位于今日克罗地亚杜布罗夫尼克）。。爱沙尼亚塔林的市政厅药房（英语：Raeapteek）最晚应该是在1422年开业，是世上历史最久，仍继续在原址营运的药房。
比利时城市布鲁日的市议会在1683年通过法律，禁止医生为患者配药，药学开始走向专业化。
据称，最古老的药房在1221年成立于意大利佛罗伦斯的新圣母大殿，原址现有一座香水博物馆。在中世纪成立的伊斯提夫药房（英语：Esteve Pharmacy），位于普奇塞达附近的利维亚（一块属于西班牙的飞地，被法国领土包围），现在则是一座博物馆，保存有16和17世纪留下，被称为阿尔巴雷洛（英语：Albarello）的陶制药罐、旧处方书、和古董药物。佛罗伦斯也是第一个官方药典（称为“新接受药”（Nuevo Receptario））的发源地，当时所有药房都用这部药典用作为指南。
存在于5到18世纪的威尼斯共和国是世界上第一个实行现代卫生政策的国家，要求药物的性质必须公开。导致当时总共有有13个私人或家族的秘方出售给威尼斯共和国政府。
制造工艺到1800年代越形进步。在1880年代后期，德国染料制造商已经把由焦油和其他矿物提炼出的个别有机化合物，将之纯化的技术臻于完善，并且建立起有机合成制造业的雏形。
水合氯醛在1869年被用作睡眠辅助剂和镇静剂。氯仿（又称哥罗芳）在1847年首次被当作麻醉药使用。
吩噻嗪的衍生物对医学各方面都有重要影响，首先是亚甲蓝，它在1876年由苯胺合成，最初用作染料。吩噻嗪被用作抗疟药、消毒药水、和驱虫药，一直用到1940年为止。氯丙嗪在1950年被发现（用作抗精神病药），引发"精神药理学革命"。
美国药师学会于1852年成立，成立的主要目的是提升药剂师在患者护理方面的功能，促进职涯发展，分享有关用具和资源的资讯，同时提高人们对药剂师在病人照护的角色以及贡献方面的认识。
加拿大的药理学家弗雷德里克·班廷和生物化学家查尔斯·赫伯特·贝斯特透过在狗身上的实验，证明胰岛素有降低血糖的功能，他们的发现导致另一位加拿大同胞詹姆斯·科利普（英语：James Collip）完成胰岛素的纯化，用于人体测试，这些发展大幅改变治疗糖尿病的方式。
英国生物学家亚历山大·弗莱明在1928年发现一种能杀死细菌的真菌之后，开发出世界上第一种抗生素-青霉素。
