平井毓太郎(ひらい いくたろう、1865年11月28日(庆応元年10月11日) - 1945年(昭和20年)1月12日)是日本医生,曾任京都帝国大学教授,旧姓木场,三重县出身。
平井毓太郎曾于1914年提名野口英世角逐诺贝尔奖。