西班牙决定性胜利
葡萄牙王位继承战争发生于1580年至1583年，系起因于三王战役后引发葡萄牙王室线灭绝，以及后续的葡萄牙王位继承危机（英语：Portuguese succession crisis of 1580）所导致的结果。交战双方为两位主要的葡萄牙王位宣称者：一位是在几个城镇都被宣布为葡萄牙国王的克拉图修道长安东尼奥（英语：António, Prior of Crato），另一位则是前者最大的表弟西班牙的腓力二世，后者最终成功夺取王位，成为葡萄牙的腓利一世。
塞巴斯提安于1578年灾难性的三王战役中战死后，他的叔公恩里克枢机立即继承了葡萄牙王位。恩里克放弃了他的主教职务，并欲娶妻生子而让阿维斯王朝能延续下去。但当时的教宗额我略十三世与哈布斯堡王室关系良好，所以不肯解除恩里克的誓言而准许他娶妻。两年后，红衣主教国王逝世，也未任命摄政委员会来选择继任者。
葡萄牙的贵族们相当担心能否维持他们的独立地位，并寻求帮助以找到新王。但这次葡萄牙王位被数人宣称而陷入争议，其中包含了布拉干萨公爵夫人凯瑟琳（1540年–1614年）、她的姨甥帕尔玛公爵拉纳科西奥一世·法尔内塞（英语：Ranuccio I Farnese, Duke of Parma）、西班牙的腓力二世以及克拉图修道长安东尼奥（英语：António, Prior of Crato）。虽然公爵夫人的后裔约翰四世在1640年取得王位后，让她也被哈布斯堡王朝承认了其正统地位，但在她争夺王位的当时，她只是几个可能的继位者之一。根据封建制度的习惯，公爵夫人她已故的姐姐的儿子──意大利人拉纳科西奥是最接近的继承人，然后是公爵夫人本人，在来紧接着他们后面的，便是西班牙国王腓力二世。腓力二世的母亲虽然是葡萄牙人，但他本人却是外国人，他的外祖父是曾任葡萄牙国王的曼纽一世；而安东尼奥虽然是曼纽一世的父系孙子，但却是私生的孙子。
帕尔马和皮亚琴察的世袭公爵拉纳科西奥·法尔内塞（英语：Ranuccio I Farnese, Duke of Parma）（1569年–1622年），是基马拉斯公爵杜阿尔特已故长女的儿子，而基马拉斯公爵是曼纽一世的儿子，也是后者当时唯一仍在世的合法后裔，因此根据封建制度的习惯，拉纳科西奥是当时葡萄牙王位继承顺序的第一位。他的双亲分别是帕尔马和皮亚琴察公爵亚历桑德罗·法尔内塞及基马拉斯公主玛丽亚（英语：Infanta Maria of Guimarães）。拉纳科西奥叔公恩里克一世的逝世，引发了各方对葡萄牙王位的争夺战，当年他年仅11岁。然而他父亲是另一位竞争者西班牙国王腓力二世的盟友，因此当时拉纳科西奥的权利并没有被强行宣称，而他后来也在1592年即位为帕尔玛公爵。
与此不同的，拉纳科西奥的小阿姨布拉干萨公爵夫人凯瑟琳却是野心勃勃宣称了王位，然而却失败。公爵夫人凯瑟琳的丈夫是布拉干萨公爵约翰一世（英语：John I of Braganza），后者是已故布拉干萨公爵海梅（英语：Jaime, Duke of Braganza）的孙子，同时也是葡萄牙王室合法的后裔，因为海梅是维塞乌公主伊莎贝拉（英语：Isabel of Viseu）的儿子，而伊莎贝拉正是曼纽一世的姐姐，她的父亲是前葡萄牙国王杜阿尔特一世的第二子维塞乌公爵费迪南德（英语：Ferdinand, Duke of Viseu）。公爵夫人亦有一子：狄奥多西二世（英语：Teodósio II, Duke of Braganza），后者将会成为她头衔与王位的继承人。因为公爵夫人的丈夫拥有合法的后裔的身份，她的王位宣称相对来说比较有力，也因此他们将共有头衔以保王位。除此之外，公爵夫人当时住在葡萄牙而非身处国外，再加上她当时年龄已经40岁，而非是未成年，这些条件都再再加强了公爵夫人宣称的力道。但由于葡萄牙在此前的历史上并未出现过普遍承认的女王，她的性别属于竞争王位上的劣势，同时她又是第二个女儿，因此根据族谱来说在她前面还有优先序位的王位宣称人。
而根据旧有的封建制度习惯，葡萄牙的王位继承顺序应如下：
两大主要争夺王位继承权的安东尼奥（英语：António, Prior of Crato）和腓力都是前葡萄牙国王曼纽一世的孙子：
1580年7月24日，安东尼奥在圣塔伦宣布自己为葡萄牙及阿尔加维（英语：Kingdom of the Algarve）国王，随后在国内数个地方都受到人民的欢迎。然而他统治葡萄牙本土仅33天，最终在8月25日的阿尔坎塔拉战役中，被阿尔瓦公爵费尔南多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多率领的西班牙军队所击败而告终。这场战役中，西班牙哈布斯堡王朝在陆战和海战都取得了决定性的胜利，阿尔瓦公爵更在两天后攻占里斯本。
1581年初，安东尼奥出逃法国，又因腓力二世的部队还未占领亚速群岛，前者因此在皮埃罗·史特罗齐所带领的众多法国冒险家护送下航行至该地，但是在1582年7月26日，在圣米格尔岛附近的蓬塔德尔加达战役（英语：Battle of Ponta Delgada）中，圣克鲁兹侯爵阿尔瓦罗·德·巴赞（英语：Álvaro de Bazán, 1st Marquis of Santa Cruz）指挥的西班牙舰队在海战中完全击败了他们。
西班牙在快速征服亚速群岛（英语：Conquest of the Azores）后，完成了西葡两国的联盟合并。西王腓力二世被承认为葡萄牙的腓力一世，并在1581年被托马尔的葡萄牙柯提斯承认为阿尔加维（英语：Kingdom of the Algarve）的国王。西葡合并后的的王国联盟（葡萄牙保留形式上的独立以及自治管理的权力），一直持续到了1640年的葡萄牙王政复古战争才告终。
