吴良辅，（不详—1661年），清代顺治朝知名宦官，受到顺治帝的宠爱，因而专权把持朝政，后被孝庄太皇太后处死。
顺治十一年（1654年）建议仿造明朝内官廿四衙门之例，设立十三衙门。
顺治十五年（1659年）三月初七，发生宦官收官员贿赂的案件，吴良辅牵涉其中，按十三衙门铁牌敕谕应“即行凌迟处死”，但顺治帝袒护，而未依照他自己所订禁宦官干政的谕令处罚，“若俱按迹穷究，犯罪株连者甚多。姑从宽，一概免究。”大学士陈之遴、陈维新、吴维华等人，则被流放到奉天盛京（今辽宁省沈阳市）或宁古塔（今黑龙江省牡丹江市一带）。大学士陈之遴是因为之前屡犯重典，原就被赦免徒往盛京，此为再犯。但此事并没公布告发之人，亦无公布审理过程，唯一可知的是内大臣巴图鲁公鳌拜审理最早被点名的广东雷州道王秉乾，因雷州道偏僻，想撤回另选故贿赂吴良辅，委其在皇帝前美言，后判斩立决，改著免死，籍没、鞭一百、发宁古塔与披甲人为奴。
顺治十八年正月二日，顺治帝发愿出家，后以吴良辅为替僧，送其至悯忠寺（今北京市广安门内法源寺）剃度，顺治帝并于过世前五日亲自到悯忠寺为吴良辅剃度。此事件与孝庄太后下嫁、胤禛夺嫡并为清初三大疑案。
同年，顺治帝驾崩，康熙帝即位。孝庄太皇太后干政，即于康熙元年依“变易祖宗旧制，倡立十三衙门名色”之罪，将之处死，并重申“皇室包衣制”“凡事皆遵太祖太宗时定制行，内官俱永不用”的祖训。此事件应为满州旧人反扑，源自包衣制的内务府制度代替了十三衙门，外朝也排挤了不少汉臣，鳌拜等四辅臣专权时代自此开始。
