清和源氏，是日本古代皇族赐姓贵族源氏的一支，因其祖先可追溯到清和天皇而得名。清和天皇的皇子有4人、孙子有12位王后被臣籍降下、赐姓源氏；其中第六皇子贞纯亲王之子、源经基的后嗣最为繁盛。然而亦有源经基是阳成天皇之孙、元平亲王之子的说法。
清和源氏以武士阶级的领导者广为人知。在平安时代，清和源氏出了许多著名的武将，而奠定了清和源氏在武家中的声望。其后的镰仓幕府创立者源赖朝、室町幕府的足利家，其来源也都可以上溯至清和源氏。由于名声显赫，后世出现许多自称是清和源氏后裔者。江户幕府的德川家康也自称是清和源氏的一支。
876年清和天皇让位给长子阳成天皇，自己则成为太上天皇，并在881年驾崩。三年后的884年3月23日，阳成天皇被迫退位，清河天皇的三叔时康亲王被藤原基经拥立为光孝天皇。此后的日本皇室都是光孝天皇的后裔，而文德天皇的男系子孙最后丧失皇族资格，演变为文德源氏、清和源氏以及阳成源氏。
源经基938年任武藏介，赴任时预先察觉平将门谋反之图谋。其后参与藤原纯友谋反后的余党平定工作。
969年，源满仲告发源高明连同橘繁延、藤原千晴等密谋废立，引发安和之变，导致源高明、藤原千晴等从朝廷失势流放。事后清和源氏在京都的势力大增，其与藤原北家的关连也更加紧密。
1030年，源赖信接替平直方，开始平定平忠常的叛乱。至1031年乱平，杀平忠常。经此事件，原属平忠常的坂东平氏的势力范围，多落入源赖信之手，可说是后来清和源氏一族在东国一代称霸的重大资本。
1051-1062年，源赖义与源义家父子与出羽清原氏联手，击败奥州的安倍氏，此称为前九年之役。1083-1087年，源义家介入出羽清原氏的纷争之中，协助藤原清衡击败异父弟清原家衡，此称为后三年之役。后三年之役结束后，朝廷认为此役系清原氏私斗，因而不予奖赏，义家于是自散家财赏有功者，自是其威名更著，被称为“天下第一武勇之士”。
1102年，源义家之子源义亲反叛，于1108年被平正盛所杀。经此事后，清和源氏（河内源氏）势力稍减，而伊势平氏开始抬头。
1156年保元之乱，崇德上皇与后白河天皇两阵营兵戎相向，源为义属崇德上皇一方，其子源义朝则属后白河天皇方。战后，后白河天皇取得胜利，朝廷令源义朝杀死亲父源为义。
1159年平治之乱，源义朝败给平清盛，被杀。1160年源义朝之子源赖朝被流放至伊豆。
1180年，源赖朝举兵反抗平氏政权，并开府于镰仓。1183年，源义仲攻入京都。1184年源氏内讧，源义仲败亡。1185年3月源义经击败平氏于坛之浦，安德天皇投水，平氏政权败亡。
1185年冬，源义经与源赖朝反目，赖朝开始追讨义经。1187年，义经投奔奥州藤原秀衡，同年秀衡病殁。1189年藤原泰衡袭杀源义经；同年源赖朝在奥州合战击败藤原泰衡，奥州藤原氏灭亡；源赖朝赴京都，授权大纳言。
1192年源赖朝任征夷大将军。
1199年，源赖朝去世，子源赖家继为将军，镰仓幕府实权落入赖朝岳家北条氏之手。1219年三代将军源实朝（赖家弟）被赖家子公晓所刺，身亡；公晓亦被杀。北条氏迎赖朝妹坊门姬的外孙藤原赖家继任征夷大将军。1234年，赖家女竹御所去世，源赖朝的直系血统断绝。
1333年，足利高氏与新田义贞起兵反抗镰仓幕府，镰仓幕府灭亡。1336年，足利尊氏（高氏改名），任权大纳言，颁布建武式目。1338年，足利尊氏任征夷大将军。
1402年，足利义满受明的册封为“日本国王”。
1408年，足利义满去世，朝廷给予“太上天皇”的尊号，而被幕府所辞退。
1573年，足利义昭被织田信长流放。1588年足利义昭拜见关白丰臣秀吉，辞征夷大将军，室町幕府告于瓦解。
1600年，自称清和源氏分支新田氏后裔的德川家康发动关原之战，取得统治权。1603年家康任征夷大将军。开始江户幕府时代。1868年德川庆喜将政权归于明治天皇（大政奉还），次年江户开城（戊辰战争），至此平清盛、源赖朝以来的武士政权告一段落。
1993-1994年，细川护熙任内阁总理大臣。细川护熙出身于细川氏，是足利氏早期的分家，是清和天皇的直系男系血亲。
