斋藤成也（日语：さいとう なるや，1957年1月14日－），日本遗传学家，福井県人。现为国立遗传学研究所教授兼综合研究大学院大学生命科学研究科遗传学专业教授及东京大学大学院理学系研究科生物科学专业教授，并担任日本学术会议会员。斋藤是中立进化论的支持者，主要研究日本列岛人群的起源与分化。
斋藤成也出生于日本中部的福井县。1972年毕业于福井大学教育学部附属中学校，1975年毕业于福井県立藤岛高等学校，进入东京大学理学部生物学科学习人类学课程，1979年毕业。1987年，同大学院理学系研究科博士课程人类学中退，1986年美国得克萨斯大学休斯敦健康科学中心生物医科学研究生院毕业，获得Ph.D.学位。1989年2月，斋藤担任东京大学理学部助手（生物学科人类学教室）。1991年1月，担任国立遗传学研究所进化遗伝研究部门助理教授。1992年10月，兼任综合研究大学院大学生命科学研究科遗伝学专业助理教授。1994年3月，获得东京大学理学博士学位“Hominoid Evolution at the Molecular Level(分子レベルにおけるヒト科の进化)”。1995年，兼任国际日本文化研究中心助理教授。1995年获得日本遗伝学会奨励赏。2002年，升任国立遗传学研究所教授、兼任研究大学院大学教授。2004年，荣获木原记念横浜生命科学振兴财团第12回木原记念财团学术赏。2005年10月，当选日本学术会议第20期会员。2006年成为东京大学理学系研究科生物科学専攻教授。2006年京都大学理学研究科生物科学専攻教授（并任）。
