质量色谱图（Mass chromatogram），是将质谱数据作为色谱图的表示方法。图表中x轴表示为时间，Y轴则表示为信号强度。质量色谱图的来源数据中包含大量的资讯，但在质量色谱图中并不是以图示形式显示，而是将可随时间变化的信号强度可视化。当质谱与某些类型的色谱法（液相色谱法-质谱法或气相色谱-质谱法）结合使用时，色谱图x轴表示为保留时间，y轴则代表信号强度或相对信号强度，不同类型度量标准的强度表示取决于每个质谱提取的资讯种类。
借由检测分析图中的每个点，总离子流（TIC）色谱图可表示整个质量范围的总和强度。此范围通常为数百质荷比以上，而在复杂的样本中，TIC色谱图内的多种分析物同时只能提供有限的资讯，所以会使个别分析物产生模糊的情形。
基峰色谱图类似于TIC色谱图，只监测每个色谱图中的最强峰。在分析中表示每个点的最强峰强度，通常具有简单的画面，比TIC色谱图具有更多的资讯，减少了其背景值并更加集中于单一分析物的每个点。
在提取离子色谱图（XIC或EIC），又称为重构离子色谱图（RIC）中，一个或多个质荷比表示一个或多个目标分析物在色谱运作中被回收（提取）的数据集。某个特定分析物的质荷比被绘制在分析中的每个点中，且基峰强度的总强度也含在内，质量容差的大小通常取决于质量准确度和仪器收集的质量分辨率，此对于重新审查数据非常有用，可检测预先未意料到的分析物，并突显出同分异构物中疑似的共洗提物质，或提供目标化合物的清晰色谱图，通过数据挖掘或数据分析过程产生提取离子色谱图。而选定离子色谱图则由一个完全不同类型的实验产生，其数据只为了收集特定的m/z值，可显示化合物或目标的化合物类型。
选定离子监测（SIM）的色谱图类似于XIC，不同之处在于质谱是在SIM模式下操作，使得在分析过程中只有选定的m/z值（或更多）可被侦测到，SIM实验经由使用质谱法（MS）或串联质谱（MS / MS）仪器进行，这在MS仪器中相当常见，此方式和提取离子色谱图有显著差异，因为在SIM实验中只可收集目标离子的数据，但提取离子色谱图在操作过程中可收集全部质量范围的数据，并在操作完成后审查目标分析物。
选定反应监测色谱图（SRM）实验和SIM实验非常类似，不同之处在于SRM使用了串联质谱法，使特定母离子的特定离子产物可被侦测，第一次选择母分析物的质量时，其余离子会被过滤掉，母分析物会在气相中被分段并被监测特定片段。这个实验具有很高的特异性，因为SRM色谱图只显示可产生特定质量的离子，而其离子可在特定产物质量的方式中分段，且只有串联质谱会使用这种类型的实验。
