楚科奇语音系（英语：Chukchi Phonology）为楚科奇语之音系，楚科奇语属于元音和谐律的语言之一。
直到1931年，楚科奇语都无正式的字母正写法，尽管在19世纪进行过宗教方面的书写应用。楚科奇字母加上声门塞音共有37个字母符号；历经二次字母符号改革，目前以西里尔字母为基础再加上三个楚克奇特有的字母；及1个声门塞音所组成。
现代楚科奇西里尔母字母：
А а Б б В в Г г Д д Е е Ё ё Ж ж З з И и Й й К к Ӄ ӄ Л л Ԓ ԓ М м Н н Ӈ ӈ
О о П п Р р С с Т т У у Ф ф Х х Ц ц Ч ч Ш ш Щ щ Ъ ъ Ы ы Ь ь Э э Ю ю Я я '
楚科奇语中有元音和谐律，同一个词的元音可以属于阴阳两组：
当阴性词的词根或词缀和阳性的构词成分出现在同一个词中，阴性的成分就会变成阳性（相反的情况永远都不会发生：阳性的成分不能变成阴性）。在这个情况下，u、e、i分别变成o、a、e。虽然e既出现在阳性词中，也出现在阴性词中，但不能把它当作中性元音看待，因为这个元音在阳性和阴性的词中代表两种不同的音位。名词和动词的词根偶尔收到后缀和前缀的同化影响： “网络”在离格后缀-jpə的影响下变成阳性词：。
楚科奇语的擦音音位很少，甚至没有舌尖擦音 ，这个特征在世界语言当中不普遍。除此之外，塞音既没有送气／不送气的对立，也没有清浊的对立，但是可以把w、r、j、 ɣ分别视为p、t、c、k的相应浊音位，因为两套音位之间有许多交替的现象。
