内战（英语：Civil War）是漫威漫画在2006年－2007年期间发行的一个跨连载的大事件，本篇共七期，由马克·米拉尔编剧，史蒂夫·麦克尼文线稿。故事建立在漫威漫画之前的推出的其他跨连载事件的基础上，特别是《复仇者解散》、《House of M》、《Decimation》及《秘密战争》。
这个事件的标语是“你站在哪一边？” 。
《内战》的故事前提是，美国推行了Registration acts (comics)#2006 Superhuman Registration Act（英语：Registration_acts (comics)）。类似的议题在《守护者》、《不可思议的X战警》、《DC：新的边际》、《Powers》、《Astro City》以及《超人特攻队》等作品中也有讨论过，但是没有一个影响所及有“内战”来的这么大。故事作者马克·米拉尔说过：
这个法案要求所有在美国的超能力者都要向政府注册，把他们的真实身份告诉上司，并且接受适当的训练。接受这个法案的人也可以选择在神盾局里面工作，如同一般美国公仆领取薪水。此时所有惊奇世界里面的角色就分成两派：一派是注册派，把注册视为应尽的义务（后来许多反派也被强迫加入这派），另外一方是反注册派，认为这违反了他们的自由。卢克·凯奇（神力侠），一个非裔美国人，在钢铁侠面前把注册比喻成奴隶制度。其他则是把法案比成警察和军人。
这个点子是在一次马克·米勒，布莱恩·迈克尔·本迪斯和布赖恩·希契的对话中出现的。这个故事某种程度上可以看成对911事件和美国爱国者法案有感而发的政治寓言，作者马克·米勒说过：
超级英雄注册法案其实已经草拟了很久。即使经常被提议，但仍然无法通过。而超级英雄注册法案在曼哈顿一场对尼克·弗瑞的报复攻击、以及绿巨人在拉斯维加斯毁灭性的爆走事件之后又受到重视（当时死了26个成人、2个小孩以及一条狗，而且这是一般民众无法得知的）在此事件之后光明会欺骗了绿巨人，并将他丢弃在太空之中。（参见绿巨人星球）
在sM-day之后，地球上90%的变种人发现他们的力量不由自主的在减弱。
新战团（Night Thrasher，Namorita，Speedball和Microbe）在史丹福以拍摄真人实境秀的方式，追捕一帮反派（Cobalt Man、Speedfreek、Coldheart和Nitro）。追捕过程中Nitro自爆了，死亡人数超过900人（其中还包括许多小孩和新战团除了Speedball之外的所有成员）。在史丹福的其他超级英雄们开始搜寻生还者。
公众舆论开始反对超能力者。就连许久没活动的新战团成员也被贴上“婴儿杀手”的标签。Hindsight（极力撇清他和新战团的关系）把他们的秘密身份公布在网站上，使得许多人遭到攻击。女绿巨人强迫Hindsight关闭网站，随后Hindsight被John Jameson逮捕。愤怒的市民们在一家俱乐部外面攻击霹雳火。
在舆论迅速倒向一边的情况下，此前一直没有得到广泛支持的超能力者注册法案（（SHRA）, 6 U.S.C. § 558）很快被国会通过了。根据法案条例，所有想要公开使用超能力者要向政府注册，其中如果有想要成为超级英雄的人要接受适当的审查和训练。该法案适用于天生具有超能力者，后天借由科技得到超能力者（例如钢铁侠），或是想要挑战成为超能力者的一般人。 Enactment of the federal law led to revisions of state criminal codes（such as Chapter 40, Article 120, Section 120 of the New York Penal Code, and Section 245（d）of the California Penal Code).此前一直反对注册法案的钢铁侠意识到这一改变已无可避免，同时也认同超级英雄们没有得到足够的约束与训练，于是转而支持该法案，并与持相同观点的英雄们一起帮助政府对其推行和维护。
美国队长拒绝帮助神盾局逮捕违反法案的超能力者，因此被神盾局特工攻击。随后变成逃犯的美国队长成立了地下组织“秘密复仇者”来反对注册法。这组织成员包括赫拉克勒斯，猎鹰，丹尼·兰德（他代替马特默多克伪装成夜魔侠）， 卢克·凯奇，和少年复仇者。另一方面，钢铁侠，神奇先生，汉克·皮姆，和女绿巨人赞同这个法案。蜘蛛侠在一场记者会中脱下他的面罩，以表示他支持这个法案。 奇异博士则不加入任何一方，要钢铁侠和神奇先生不要再来找他（政府宣布奇异博士不受法案所管）。
支持注册派的英雄们在政府授意下追踪没有注册的超能力者，并关押拒绝注册者。美国队长带领的秘密复仇者和钢铁侠带领的复仇者在Yancy Street大打一战。路过拜访朋友的石头人也卷入事件。当Yancy Street黑帮的一名年轻成员在混战中死于非命后，石头人不耻双方的行为而离开美国：“我不会支持一个错误的法律，但也不会和政府交战。”
秘密复仇者收到一个假警报，中了注册派的陷阱。这场战斗中，一个新武器现身了：雷神索尔的克隆人（用索尔的一根头发取得的阿斯加德人基因以及赛博技术补强）。“索尔”失去控制用雷电杀死了比尔·福斯特。美国队长宣告撤退，隐形女侠用她的能量护盾保护秘密复仇者，使他们安全撤离。
比尔·福斯特的死震惊两方：Stature和Nighthawk投降并且注册。而霹雳火和隐形女侠则是加入了反注册派。In turn, Pym drafts a sub-group of the Thunderbolts to their cause.
蜘蛛侠知道看管"战犯"们的设施“42”的存在后认为他站错边了，于是转而支持另外一方。钢铁侠因此派出Jester III和Jack O'Lantern去追捕他。最后惩罚者杀了那两个反派，救了蜘蛛侠，带他到秘密复仇者的藏身处。蜘蛛侠伤势复原后，加入了反注册派，并且公开发表声明他要反对注册法案。
惩罚者想要加入美国队长的阵营，因为他无法接受钢铁侠决定将许多反派纳入注册派势力。美国队长同意了，但要求他服从指挥，禁止杀人。
在惩罚者入侵巴氏大楼想要窃取负区的建筑图时，隐形女侠跑到亚特兰提斯想要说服纳摩加入秘密复仇者，不过他拒绝了。超级罪犯Goldbug和Plunderer跑到秘密复仇者的基地想要加入美国队长的队伍，却在美国队长准备回应时被惩罚者开枪射杀，美国队长一怒之下把惩罚者踢出队伍。
在奇异博士冥想的过程中，观察者奥图问他为什么不用他的能力阻止这场战斗。奇异博士说巫术和人类间的俗事无关，不过他会尽力祈祷，使结果往好的方向走。
最后一战从披风把全部成员传送到纽约开始。纳摩带着一群亚特兰提斯的士兵帮助秘密复仇者，另外一方则是有the Champions，复制索尔，和Captain Marvel的帮助。神奇先生帮隐形女侠挡了一枪，赫拉克勒斯毁灭了复制索尔。石头人跑来保护市民。美国队长用EMP令钢铁侠的服装当机，然后开始痛打托尼。就在美国队长要给钢铁侠致命一击的时候，一群警察、紧急救难小组、消防队员跳出来阻止他。美国队长此时才发现到本该保护人民的英雄，他们之间的战斗毁掉了整个街道，意识到双方的争斗只会给人民带来危害于是投降，并解散了反注册派。
2006年8月惊奇漫画宣布《内战》漫画发行延期数月，让漫画主笔画家史蒂夫·麦克尼芬（Steve McNiven）稍作缓冲休息。第四册延期一个月至9月发行，第五册延后两个月至11月发行。此外，多部内战相关延伸漫画《内战：前线》迷你系列，受影响同样延后数个月不作支外情节发展。
11月下旬，惊奇再度将内战第六册延期，原定由11月20日发行，延期到翌年1月4日发行。这次不如前例，只有《惩罚者战争旅程》第二册延后发行。最后大规模延期，将第七册延后两周，从1月17日推至1月31日。又再度延后至2月21日。
于"假如内战结局不同? What If Civil War Ended Differently?"正当钢铁侠在阿灵顿拜祭美国队长，面前出现有一个陌生人。他向托尼斯塔克道出内战可总结成两种：
两个起点相似但终点却截然不同的两个极端世界，陌生人讲述前者故事时斯塔克觉得这证明了自己的正确，但才刚讲述完后者却让斯塔克懊悔不已。
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