孙兴祖(1335年-1370年),安徽濠州人,明朝初年军事将领。
其早年跟随朱元璋渡江,累功至都先锋,后升任统军元帅。攻破瑞昌八阵营,升任天策卫指挥使。其做事有谋且沉着冷静,深受徐达器重。后攻破泰州,守卫海陵。海陵是张士诚部队进入安徽的必经之地,其整训军队,提高防御。后击败张部队的袭击,并攻下通州,升任大都督府副使。后随徐达北伐,攻破元大都,后带领三万部队镇守燕山。当时扩廓占领居庸关窥视北平,徐达则对部下说“北平有孙兴祖,不用担忧。”于是率领大部队进攻太原。洪武三年,后跟随徐达北征,激战身亡。朱元璋悼念他,封其燕山侯,谥忠愍,配享通州常遇春祠。
此后,中书省因汪兴祖俸禄事入奏,朱元璋听到兴祖,感事伤情,于是命令给孙兴祖家以月俸禄。其长子孙恪继承武德卫指挥使,后升任都督佥事。洪武二十一年,跟随蓝玉北征至捕鱼儿海。后论功封全宁侯,后平乱四川和荆楚叛乱,驻兵沔阳。二十五年,晋升太子太保。后因为蓝玉案连坐而死。