真菌分类系统是关于真菌的科学分类法。19世纪至今，各学者对真菌的分类不尽相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分类系统。
1935年，恩斯特·贝西（Ernst Bessey）出版了美国第一本真菌学教科书。1950年，又出版了《真菌的形态和分类》一书，其中包含了他所创的“三纲一类”分类系统。
乔治·威拉德·马丁（George Willard Martin）继承了“三纲一类”的分类系统，并作了细化。
亚历克索普洛斯（Alexopoulos）对之前混乱的分类单元名称进行了规范。其1952年的分类系统沿袭了“三纲一类”的分类系统。而1962年的分类系统开始放弃“三刚一类”的分类系统，将藻状菌纲分为6纲。
安斯沃斯分类系统采用了五界系统学说，在20世纪七八十年代广泛使用。安斯沃斯分类系统与亚历克索普洛斯分类系统较相似，其区别在于建立了3个新亚门，鞭毛菌亚门、接合菌亚门和半知菌亚门，并将子囊菌分为6个刚，半知菌亚门设3个纲。
卡弗利尔-史密斯分类系统是最早体现出真菌是多界演化的分类系统之一。其将半知菌归入到其有性阶段的分类单元中。
唐纳德·J·S·巴尔（Donald J. S. Barr）1992年提出了巴尔分类系统。
2001年出版的《真菌词典》第9版分类系统，根据rDNA测序等技术对第8版分类系统进行了修订。将子囊菌门分成6个纲，55个目，291个科；担子菌门原有的32个目合并为16个目；担子菌类酵母菌划分到3个不同类群中。
2008年出版的《真菌词典》第10版分类系统，对第9版的分类系统做了很大的调整，收录了2001年～2008年之间的研究成果。该版将真菌界划分7个门，底下分36纲、140目、560科、8283属、97861种：
