反转录转座子（Retrotransposon）是由RNA介导转座的转座子的元件，在结构和复制上与反转录病毒（retrovirus）类似，只是没有病毒感染必需的env基因。它通过转录合成mRNA，再逆转录合成新的元件整合到基因组中完成转座，每转座1次拷贝数就会增加1份，可以增强自己的基因组。因此，它是许多真核生物中数量最大的一类可活动遗传成分。在植物中特别丰富，它们是核DNA的一个主要组成部分。在玉米的基因组49-78％是反转录转座子，而在小麦中包含约90％的基因组重复序列和68％的转座子。在哺乳动物中，几乎有一半的基因组（45％至48％）包含转座子或残余转座子。人类基因组有大约42％反转录转座子，而DNA转座子约占2-3％。
反转录转座子与反座子 (retroposon) 较为相似，然而两者的主要区别为反转录转座子具有反转录酶，而反座子没有。
反转录转座子可以分成两大类：
所有反转录转座子都有一个共同特点，就是在其插入位点上产生短的正向重复序列。
