冯应京（1555年—1606年），字可大，号慕冈，安徽泗州人。生于凤阳盱眙县（今属江苏省），万历进士，曾任湖广监察御史，在湖北以“维护风化”为名弹劾泉州思想家李卓吾，又指使歹徒焚毁李卓吾所居之龙湖芝佛院，毁坏李预为藏骨的灵骨塔。后因案入狱，以利玛窦劝告，归依天主教。
冯应京生于嘉靖三十四年乙卯（1555年）五月二十一日，八岁其父卒于官，事母至孝。
万历十九年辛卯科举人，二十年（1592年）壬辰科进士，吏部观政，同年秋以母老请假归，次年，其母病逝，守丧三年。二十四年（1596年）授户部主事，督饷蓟辽。二十五年朝鲜之役起，调任兵部主事，升职方司员外郎。万历二十八年（1600年），任湖广佥事，整饬武昌兵备，分巡武昌、汉阳、黄州。生性耿直，“不事空言，为淮西人士之冠”。在其《月令广记》中讲“工商皆本”。
后因弹劾税监陈奉太监事，反遭陈奉控告，万历二十九年（1601年）二月湖广收税御马监监丞陈奉弹劾冯应京违抗明旨，阻挠税务，遂被革职为民。又因科道官员纷纷上疏求情，万历帝震怒，令锦衣卫逮送京城，二十九（1601年）年九月二十三日“入囚燕京”，冯应京被逮捕时，百姓“拥槛车号哭，车不得行”。
入镇抚司狱，拷讯关押，利玛窦多次去狱中探视，狱中皈依天主教。万历三十二年（1604年）九月乙丑（1604年10月10日）发生客星之变，数日后被释放，枣阳县令王之翰则死狱中。
应京系狱四年，读书不辍，勒成《经世实用编》，三十二年甲辰放归，万历三十四（1606年）年正月二十日（新历2月26日）卒于家，享年五十二岁。天启二年赠太常寺少卿，吏部录赠恤诸臣，应京为首，谥曰恭节。
父冯世登官广东顺德训导。
