本条目介绍有关bilibili的争议。
2016年5月23日，有网友发现在bilibili观看《火影忍者》等5部新番动画时，视频开头均出现了一段为15秒的贴片广告。而早在2014年10月bilibili就曾对用户作出承诺：B站上的正版新番，永远不会出现视频贴片广告。在2016年5月23日有人在知乎提问“如何看待B站曾承诺永远不加广告现在却在加了贴片广告的行为？”。25日，bilibili董事长陈睿在知乎上回答，称：“广告是版权方强制要求，虽然多方交涉以其他形式代替广告，但版权方仍然拒绝。起初的广告并非商业广告，是可拖动进度条的bilibili吉祥物22、33的表情包广告，后有人向版权方反映，这才换上真正的商业广告。”并表示：如果用户不喜欢这种方式，B站宁可不上架此动漫。这立即获得了网友对bilibili的认可。随后bilibili官方对这次的广告事件作出了答复。
2017年3月，哔哩哔哩发起一个投票，目的是为一个与中国动画相关的新区命名，新区名称通过“国漫”、“国动”、“华漫”等候选名称中选出。根据网站统计，一共有18万用户参与这次投票，超过75%的用户把票投给了“国漫”，网站官方两天后通过微信公众号公布了这一票选结果，同时宣布新分区的名称定为“国漫”，但该命名引起部分漫画创作者的争议，他们认为该专区内容以动画为主，“漫”字会对用户有误导。最终的讨论结果是用“国创”代替“国漫”。
2017年“bilibili拜年祭”期间，bilibili官方在淘宝网对一款编号为“2233”的限定手办进行拍卖。根据淘宝网显示的结果，最终手办以人民币9,876,547,210.33元的“天价”被一名ID为“三日月菌”的买家购得（其后流拍）。2017年1月24日，bilibili官方发表声明称有多人涉嫌恶意扰乱竞拍秩序。
2017年1月27日除夕夜，网站受到大面积外部攻击，后台审核和节操值系统沦陷，导致网友被扣光“节操值”，无法发送弹幕和评论。翌日凌晨3时，所有受影响的账户已恢复。据指，此番攻击或是报复上级强制加班的员工所为。不过，董事长陈睿表示这次攻击有计划，已经取证报案，“内部员工”发动攻击的故事是事先准备好的剧本。
2018年3月，NGA论坛用户“豆芽菜黄了”称自己的女儿与B站UP主科里斯开始文字恋爱，被发现后科里斯竟教唆女儿离家出走并对她进行辱骂。事后bilibili将科里斯永久封禁，并清除了用户数据（目前已经无法访问其个人空间），并称未来将设立青少年维权站。
2018年11月，当时粉丝数约200万的B站UP主吴织亚切大忽悠被爆出疑似涉嫌恋童行为等劣迹。
2018年12月6日，B站发布公告，称已经启动未成年人保护机制，决定移交公安机关并要求该主播暂停直播服务。次日，B站发布《关于规范“主播吴织亚切大忽悠事件”相关言论、信息发布的公告》，以“当年的当事人已被网络舆论波及，个人隐私受到侵犯”为由，陆续清除了部分用户的相关评论，并限制用户仅可在该公告下的评论区进行讨论，且该公告并未在公告栏刊出，仅凭链接方可访问。1月21日，站方封禁了吴织亚切大忽悠的B站账号与直播间并取消该主播在B站的所有“历史荣誉”。
虽然主播遭到封禁、恋童行为也无法查证，但B站仍在此事件中招致了网民批评，恋童的谐音“炼铜术士”成为了一个用于批判B站的网络迷因。
2019年11月6日，淘宝一水果店铺“果小农”误将26元4500克的水果误写成4500斤，随后B站UP主“路人A-”带领1万粉丝下了10万多个订单，导致该店铺亏损700多万元，不久淘宝官方微博宣布已临时保护该店铺，次日，哔哩哔哩发布声明，称“路人A-”的行为对社会造成了恶劣影响，并在事后主动联系“路人A-”，其承认了错误，哔哩哔哩同时将其账号封禁。
自从2017年开始每逢敏感时期一般为涉及到六四事件或者两会期间，哔哩哔哩同其他中国大陆社交媒体都会不同程度的进行“系统升级”意在防止有害、不适宜信息出现。
2019年5月底至6月初期间，因加大力度回避六四事件30周年，哔哩哔哩以及同其他中国大陆社交媒体就以“系统升级”等理由临时关闭弹幕系统。
2017年2月9日，bilibili发布了《关于加强对时政类视频内容管理的公告》，公告称为响应上级有关部门的指示，进一步营造健康有序的网络环境，将根据国家相关法律法规政策，加强对时政类视频内容的管理，即日起暂停个人上传时政类内容；同时，时政类内容将由站内认证的持证新闻机构发布，首批认证机构为：共青团中央、央视纪录、环球时报、环球时报英文北京版、看看新闻SMG、观察者网等官媒或有关的机构。有评论称，B站此次突然暂停个人用户上传时政类视频可能与此前有用户发布了在日华人反APA酒店游行实录引发部分仇日网民与持其他立场的人士在视频评论区的激烈骂战引发社会关注有关。
2017年7月12日晚，该网站同AcFun等网站一道将其网站上的日剧、泰剧、英剧、挪威剧等各类境外电视剧全部下架，显示为“视频已失效”。据报有字幕组透露称，其早先已经无法在AcFun正常投稿上传影视剧内容，而之前上传到哔哩哔哩的影视剧作品均被退稿。2017年7月13日，bilibili在微博上回应称为维护网站内容的规范性，对网站内的影视剧内容进行审查工作，审查期间部分影视剧可能出现无法访问的情况。审查结束后，不符合规范的影视剧将被下架处理，符合规范的影视剧将逐步恢复上线。2017年7月23日，B站董事长陈睿称“国家目前对互联网上的影视内容提出了一些规范性要求”、“我觉得B站的发展已经到了一定的阶段，需要对内容进行一些清查”、“至少还要一两个月，通过审查的内容会陆续上线，没有通过的，就永远不会恢复了”、“在这次清查的过程中，我们也发现一些内容被误伤了，目前已经陆续恢复上线”。
2018年7月20日，正值国家版权局、国家互联网信息办公室、工业和信息化部、公安部16日在北京联合启动打击网络侵权盗版“剑网2018”专项行动，中国中央电视台新闻频道在其新闻联播、焦点访谈栏目中报道B站存在涉及兄妹恋的乱伦等“低俗内容”，不少作品直接挂在首页超级推荐栏目。报道发出后，B站迅速对问题视频作下架处理，并在公告表示会加强用户举报反馈机制，对工作人员进行问责，全面清查站内内容。
2018年2月20日，奇虎360旗下视频APP“快视频”在未经up主允许的情况下，大量盗取bilibili的视频，甚至连up主的ID和视频下的评论也一并不经修改直接盗取。bilibili通过认证号“up主首席执事”发布《关于某视频App盗传稿件事件的公告》呼吁维权。同天，B站在发表了《关于用户反馈B站账号可以直接登录360快视频的调查结果》否认了“使用快视频登录输入B站账号密码后，B站账号会被异地登陆”和“用B站账号密码能直接登录360快视频”的传言。官方在知乎上声称：“至今为止，我们没有发现B站的用户账号信息被泄漏的证据。账号安全是我们工作的重中之重，我们还在继续排查各种可能性。”并表示可能是用户的360账号与bilibili账号使用了相同的用户名和密码导致了信息泄露。2月21日，bilibili正式向快视频发送律师函，要求快视频停止侵权行为，并向所有bilibili视频上传者及bilibili公开赔礼道歉。
2018年7月26日，在央视新闻报道B站存在“低俗内容”后，媒体报道bilibili客户端在中国多家应用市场中下架消失，小米应用商店中搜索会显示：“哔哩哔哩因内部优化修改，修改完成后将恢复下载服务”。26日23时许，中国网信网宣布，在国家网信办会同工信部、公安部、文化和旅游部、广电总局、全国“扫黄打非”办公室等五部门开展的网络短视频行业集中整治中，联合约谈“哔哩哔哩”“秒拍”“56视频”等16款网络短视频平台相关负责人，对其中12款平台作出应用商店下架处置，其中包括哔哩哔哩客户端。受约谈平台相关负责人均表示完全接受处罚、暂停更新相关频道、全面落实整改，履行企业主体责任。哔哩哔哩在随后也对此次事件发布官方声明，称将加强审核，全面进行内容整改。但截止2018年7月29日，官方尚无结束本次惩罚性下架的明确时间公布。虽然客户端被下架，但其官网仍能下载到bilibili的最新客户端，以及在Google Play（仅在部分地区提供）上下载精简了部分功能的bilibili海外版客户端，2018年8月26日，哔哩哔哩整改完成，恢复上架。
2019年4月12日消息，上海正策律师事务所发表官方微博称，上海正策律师事务所、上海天尚律师事务所受艺人蔡徐坤委托，向哔哩哔哩弹幕网信息网络传播视听节目许可证的注册公司上海宽娱数码科技有限公司发出律师函，原因为委托人蔡徐坤的相关影片片段在哔哩哔哩弹幕网上被众多网友严重恶搞，“存在大量严重侵犯委托人权利的内容”。对此，哔哩哔哩弹幕网表示已回复蔡徐坤委托发出的律师函。随后，B站涌出更多关于“蔡徐坤律师函”的各类作品。b站官方并没有对此进行阻止。迄今事态未有进一步发展。。
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2019年4月22日11时，ID为openbilibili的新注册用户在代码托管网站GitHub上发布了名为go-common的项目，描述为“哔哩哔哩 bilibili 网站后台工程 源码”，主要由Go语言编写。该项目迅速引来大量用户评论、分支、克隆及星标。当日17时许，该项目因过度使用网站资源被关闭公开访问，但此时已有至少6597次标星和6050次分支，在GitHub、GitLab等平台仍有大量备份项目或源码压缩包可供下载。4月24日凌晨2时，GitHub公布了来自bilibili的DMCA删除请求，原仓库的关闭理由也已相应修改。Bilibili 在请求中的不规范行文引起网友热议。 同时，在网友对泄露源代码的截图中，出现了“抽奖不成功也要发送弹幕，概率20%造成一种很多人中奖的假象”等注释，以及与吴织亚切大忽悠事件有关的管理接口，并列举了“包子帝”等测试过滤器用的敏感词。
2019年12月18日，B站UP主运营部总监皮力在“中国新文娱大会”上谈及吴亦凡歌曲《大碗宽面》时，表示吴亦凡团队借助“蔡徐坤打篮球事件”将负面事件“洗白”，并承认B站在其中推波助澜。
2020年5月31日报道，一位UP主(虎子的后半生)自称肺癌晚期四年半，母亲脑中风，父亲多年疾病缠身，家中拖欠几十万外债，在视频中泣不成声，获得大量网友、粉丝关注打赏。而最近该UP主被曝出其日常出入高级餐厅、五星级酒店、游艇俱乐部，拥有豪车宝马，购买足疗技师服务，经常买到香烟和槟榔甚至用网友打赏的“救命钱”在三亚购置豪宅。面对网上的各种质疑，该UP主强调自己的尊严不容践踏，是有些人的恶意抹黑，并解释了其中高级餐厅为中奖的免费"霸王餐"，同时贴出了病例及诊断。随后大众点评公布调查回复其出入百余次高档餐厅中奖"霸王餐"为假，实际中奖次数只有个位数，UP主随后删除了中奖"霸王餐"的解释视频，但被网友完整保存。另外一位网友说出UP主不露真身而利用他人素材做视频，作为隔壁床友目击到在其住院照片、视频中病床间被打针系其舅舅，之后此条留言被UP主迅速删除。同时另一网友评论中怀疑UP主的病例造假和伪造公章，并推断出年龄作假。一知乎用户指出，病历上的治疗药物有的会产生疼痛和恶心的副作用，胃口不然可能这么好。而且肺部感染却没有咳嗽，“感觉像演出来的。”有豆瓣用户根据其Bilibili视频平台收益计算，其打赏金额一天最高能达到15000多元，总收益至少数十万至百万元，而UP主在今日头条、西瓜视频等其他平台收益则未计入本次计算。"编故事"、"演戏"事情曝光后，有网友表示愿病魔早日战胜骗子，也有网友认为事件不是"智商税"并继续相信打赏UP主。而曾将该UP主推上首页做推荐内容的 B 站，也在虎子的后半生的主页上加了一行标注：“该 UP 主内容存在争议，请注意甄别视频内信息。”
