日本捕鲸始于绳文时代（前131世纪－前4世纪）。在国际捕鲸委员会禁止商业捕鲸后，20世纪日本庞大的商业捕鲸活动宣告结束。1986年，国际捕鲸委员会允许日本以“科学研究”的目的，在南极洲和北太平洋捕鲸，但并未同意其作为商业用途，如贩卖食用等，日本的捕鲸活动受到国际捕鲸委员会以及日本鲸类研究所的限制。现在，捕鲸活动在支持和反对捕鲸的政府和组织之间是一个争论话题。反对捕鲸的国家、科学家和环保组织认为，日本捕鲸的科学项目没有必要，或者，是一个商业捕鲸的伪装，国际法庭在2014年的裁定也认定日本以科学研究掩盖商业捕鲸事实的说法。日本外务省方面声称，每年定量的捕鲸对于科学研究和鲸群数量的保持都有必要。日本政府因看不到只重视保护鲸鱼资源的国家有让步可能，且发现看到对鲸鱼资源的持续利用与保护的立场不可能共存，在2018年12月26日宣布退出国际捕鲸委员会，并从2019年7月起重启商业捕鲸。
日本商业捕鲸始于江户时代，是目前世界上最大的捕鲸、食鲸国。东京东部千叶县铫子市和田町毗邻太平洋，面积32.45平方公里，人口约5800，是日本历史最悠久的捕鲸渔村及日本四大捕鲸基地之一，当地人捕鲸和屠宰鲸的手艺娴熟，鲸肉是当地人主食之一。
南槌鲸每年6月会到和田町的房总半岛附近海域觅食，当地渔民们的捕鲸忙季一直到9月为止。 现在捕鲸鱼要有配额，和田町的渔民一年只有26头南槌鲸的配额，价格较以前提高。
日本鲸类研究所的统计数据：2000年日本生产鲸肉2849吨、鲸皮类1051吨。鲸鱼尾部的瘦肉6000日元（约合53美元）/千克，普通瘦肉2610日元（约合20美元）/千克，上等皮3300日元（约合29美元）/千克。日本捕鲸产业年批发总额3200多万美元。日本的市场和餐馆，每年销售出2000多吨鲸肉。国际爱护动物基金会报告说，日本市场销售多种濒危鲸种，包括座头鲸、长须鲸、灰鲸等。第二次世界大战结束后，日本国内粮食缺乏，鲸鱼肉曾经是重要的粮食补给，作为营养午餐的蛋白质来源之一，老一辈的日本人因此对于鲸肉存有眷恋。鲸肉在现今的日本已不若往常受欢迎，但部分市场仍可买到生肉、熟食或鲸鱼罐头。
新西兰奥克兰大学的鲸类调查报告说，尽管座头鲸的数量稍有恢复，但仍不足以支持商业捕鲸活动。鲸类专家贝克教授认为，例如斐济群岛附近的座头鲸已经绝迹，新喀里多尼亚附近的座头鲸现在只有大约400头，小须鲸的数量降低到了原来的1/3。
国际爱护动物基金会代表米克说，尽管国际上很多国家谴责日本的商业捕鲸，但试图阻止日本捕鲸的努力失败了。世界自然基金会的报告严肃批评日本所谓的“科学捕鲸”活动。该基金会全球生物项目负责人苏珊说：“日本的捕鲸项目是商业性和政治性的，不是真正的科学研究。”绿色和平组织的调查显示，92%以上的日本民众根本不知道他们的政府每年都要捕杀900头以上的鲸，69%的民众不支持在远海捕鲸。该组织始终反对日本与冰岛等国打着科学调查的口号进行商业性捕鲸，多次与捕鲸船展开正面交锋，很多人认为依靠当今科技，人们可以凭借声纳跟踪或DNA提取进行研究，根本无须提取鲸的性命。
有些观点声称美国之所以推动保护鲸鱼，是在上世纪70年代日本经济高速增长时煽动反日情绪，打压日本的手段，也有认为美国批评和阻止日本自由捕杀大海里的鲸鱼，是为了让日本在粮食安全上对美国形成依赖，并大量进口美国产的牛肉。
日本在南太平洋的捕鲸活动，引起澳洲和新西兰等南太平洋国家的抗议和反对，并多次与保护鲸鱼的组织在海上爆发冲突。2010年5月，澳大利亚政府向国际法院提起诉讼，指日本以科学研究为名捕杀鲸鱼，只是掩饰捕鲸的商业目的。
2014年3月31日，位于荷兰海牙的国际法院裁定，日本未能就其所声称的科学研究项目，证明须要在南极猎杀大量鲸鱼，所以判决日本败诉。国际法庭下令日本对其科学研究计划作出改革前，应停止发放捕鲸许可。国际法庭的这项裁决是终审裁决，具有法律约束力，各方皆不得上诉，而日本表示会尊重国际法庭的裁决。
2015年11月27日，日本水产厅（日语：水産庁）发表声明恢复科研捕鲸，称本次科研捕鲸计划只捕捞333条小须鲸，相较过往捕捞1000条，减少三分之二。澳洲总理麦肯·腾博对日本表明反对捕鲸活动，并将继续向国际法庭提出控诉。
