熊开元（1599年－1676年），字玄年，号鱼山，湖广嘉鱼县（今湖北）人，明朝政治人物，天启乙丑同进士出身。
天启五年（1625年）登乙丑科进士。崇祯元年（1628年）授直隶崇明县知县，改吴江县。崇祯四年（1631年）征授吏科给事中，请杀王化贞。后坐事贬官，为山西按察司照磨，迁光禄寺监事。崇祯十三年（1641年）迁行人司副。得罪周延儒，下狱。崇祯十七年（1644年）正月，遣戍杭州。
同年，李自成攻克京师，弘光帝召熊开元起吏科给事中。为母丁忧，不赴。隆武帝立，任命熊开元工科左给事中。连擢太常寺卿、左佥都御史，随征东阁大学士。后乞假归乡。隆武二年（1646年）八月，汀州被清军所破，熊开元弃家为僧，在苏州灵岩寺隐居而终。《明史》有传。
著有《诸方语录》、《蘖庵别录》、《渔山剩稿》等。
