吕祖谦（1137年－1181年9月9日），字伯恭，婺州（今浙江金华）人，原籍寿州（今安徽凤台），因吕姓郡望东莱，世称东莱先生，为南宋哲学家、教育家。
官宦世家，八世从祖吕蒙正（圣功），北宋宋太宗太平兴国二年（977年）进士第一。
祖谦自幼随父在福建任所，师从林之奇，至临安，师从汪应辰和胡宪。吕祖谦以祖致仕恩，补为将仕郎，南宋高宗绍兴二十七年（1157年），改为迪功郎，南宋孝宗隆兴元年（1163年）四月，中博学鸿词科，特授左从政郎。南宋孝宗乾道二年（1166年）十一月，其母逝，归葬婺州。
南宋孝宗乾道六年（1170年），任太学博士，兼国史院编修官、实录院检讨官。乾道八年（1172年）二月，其父去世，久居明招山守墓服丧。淳熙三年（1176年），因李焘推荐，升任秘书省秘书郎。吕祖谦与朱熹、张栻过从甚密，时称“东南三贤”。曾与朱熹一同讲学于浙江浦江的月泉书院，论学主“明理居敬”，认为“居敬有力，则其所穷者益精；穷理浸明，则其所居者亦有地”。祖谦反对空谈阴阳性命之说，开创“吕学”（“婺学”），为金华学派的代表，开“浙东学派”先河。
吕祖谦极力主张抗金，恢复失土。重视史学, 仿司马光《资治通鉴》撰《大事纪》12卷与《大事纪解题》12卷，还有《通释》3卷，内容较《通鉴》精简，史称“每条之下各注从某书修云云，以自附于述而不作之义”。可惜祖谦40岁左右健康转坏，患“萎痹”，自言“非药石所能料理”，43岁以后，右肢瘫痪，行动不便，未竟其书。
南宋孝宗淳熙二年（1175年），由吕祖谦邀请，朱熹与陆九渊等人参加的一次学术会议，名之为“鹅湖之会”，首开书院会讲之先河；双方“相与讲其所闻之学”，陆九渊提出“尧舜之前有何书可读”，认为只要“明心见性”即可，致使“朱熹不慊”，不欢而散。陈亮尊奉吕祖谦为“道德一世师表”。淳熙四年奉宋孝宗之命编辑《宋文鉴》。
淳熙六年（1179年）七月二十八日，第三任妻子芮氏去世。晚年喜阅读医书。淳熙八年（1181年）七月二十九日病故。。葬于浙东武义武阳镇明招寺南300米。岳父韩元吉在吕祖谦死后有诗：“青云涂路本青毡圣愿相期四十年台阁久嗟君卧疾山林空叹我华颠伤心二女同新穴拭目诸生续旧编斗酒无因相沃酹朔风东望涕潸然”。
《左传说》、《东莱左氏博议》 、《历代制度详说》、《宋文鉴》等书，及与朱熹合编《近思录》。
清初四库馆臣评其成就“祖谦于史学最长”。
妹夫朱在，朱熹和刘清四之子。朱熹是1148年结婚，朱在是1169年出生的，所以吕祖谦之妹应该比吕祖谦小至少20年，可能是吕大器晚年得女，吕祖谦应该看不到妹妹出嫁。又，这妹妹应该不是曾氏所出，吕大器可能还有继室。
吕祖谦有三妻，南宋著名儒官韩元吉的二位女儿韩复、韩螺，淳熙四年十一月初二继娶国子祭酒芮烨之女芮氏。三妻皆早亡，二子一女夭亡。
