半鞭毛虫(Hemimastigophora)是一类单细胞真核生物,目前认为此支序为多貌生物的姊妹群。
本支序于1988年由Foissner等人建立的一个门级分类元,其下仅有Spironemidae一科。当时该支序于分类树上的位置仍不清楚,认为其与眼虫门(Euglenozoa)为近亲。但后续的研究则认为其应该比较接近SAR超类群(包含囊泡虫类、无根虫(英语:Apusozoa)、弯单胞虫(英语:Ancyromonadida))。
2018年发表的论文根据其新发现的物种(),认为本支序应该是属于真核生物域下的一个总界级的高阶分类元 。