矢岛藩（日语：矢島藩／やしまはん */?）是位于日本出羽国由利郡（日语：由利郡）矢岛（现秋田县由利本庄市矢岛町矢岛町）的藩，成立于宽永17年7月26日（1640年9月11日），藩厅（日语：藩庁）是矢岛城，大名家是外样大名生驹氏（日语：生駒氏），高峰期石高达一万五千零二百石，万治2年9月23日（1659年11月7日）由于分知（日语：分知）而一度废藩，经过交代寄合时期，最终在明治元年11月20日（1869年1月2日）于戊辰战争中有功而再度立藩，明治4年7月14日（1871年8月29日）废藩置县，藩校（日语：藩校）最初称作日新堂，重新立藩后改称矢岛藩学校。人口方面，天保5年（1834年）时是2,354户12,479人，安政5年（1858年）时是14,250人。
江户藩邸（日语：江戸藩邸）方面，上屋敷设于下谷竹町（现东京都台东区台东二至四丁目），其后作为代地（日语：代地）在元禄10年12月8日（1698年1月19日）于驹込（现东京都丰岛区驹込、文京区本驹込或千駄木一带）兴建下屋敷，翌年12月3日（1699年1月3日）相对替（日语：相対替）至本所源森桥（现东京都墨田区向岛一丁目至吾妻桥二至三丁目一带），文政5年12月19日（1823年1月30日）相对替至本所林町三丁目（现墨田区立川二丁目一带），万延元年12月10日（1861年1月20日）相对替至本所中之乡竹町（现墨田区吾妻桥一丁目和东驹形一丁目一带）。
宽永17年7月26日（1640年9月11日），赞岐高松藩主生驹高俊（日语：生駒高俊）由于生驹騒动（日语：生駒騒動）而被改易（日语：改易），不过江户幕府念在生驹氏为名门望族，因此作为生活费下赐出羽矢岛一万石予高俊，矢岛一万石分别是仁贺保良俊的六千石旧领（仁贺保乡）、打越光久（日语：打越光久）的三千石旧领（前乡、川内乡、笹子乡和直根乡）以及本多正纯的一千石旧领（大泽乡）。
正保2年（1645年），本庄藩主六乡政乘（日语：六郷政乗）获幕府批准进行替地（日语：替地），政乘以向乡、玉米乡和下村乡的十六村换取矢岛藩仁贺保乡的十六村作为领地，变为本庄藩领的十六村分别是盐越村、赤石村、金浦村、飞村、黑川村、三森村的一半、前川村、大竹村、中野村、三十野村、樋口村、立井地村、三日市村、中村村、百目木村以及伊势居地村的一半，变为矢岛藩领的十六村则是平生森村、坂之下村、新庄村、八杉村（八ツ杉村）、指锅村、木在村、小坂村、杉泽村、乡内村之内、新轮村、川内村、上里村、中里村、下里村和法内村。万治2年9月23日（1659年11月7日），高俊死后进行分知（日语：分知），由嫡子生驹高清（日语：生駒高清）继任，其弟俊明则继承二千石领地，包括仁贺保乡的伊势居地村、寺田村、畑村、横冈村、本乡村之内、玉米乡的川内村以及新轮村之内。自此两家成为定府（日语：定府）旗本，八千石宗家更是相当于一万石大名的交代寄合表御礼众，获准进入柳间。
明和5年8月7日（1768年9月17日），生驹亲贤（日语：生駒親賢）致仕后，由其养子生驹亲睦（日语：生駒親睦）（骏河田中藩主本多正矩（日语：本多正矩）七男）继位，安永9年7月1日（1780年8月1日）首次获准前往领地，自此开始参勤交代。文化14年6月11日（1817年7月24日），生驹亲章（日语：生駒親章）死去后，由其养子生驹亲孝（日语：生駒親孝）（陆奥二本松藩主丹羽长贵（日语：丹羽長貴）三男）继位。文政13年11月28日（1831年1月11日），亲孝去后，由其养子生驹亲爱（日语：生駒親愛）（丰前中津藩主奥平昌高（日语：奥平昌高）六男）继位，天保2年（1831年）时以大泽乡的大泽乡宿村、大泽乡寺村、寺馆尻引村和本卖泽村换取幕府领上仁贺保乡的大饭乡村、长冈村、小泷村、横山新田村、关村、中之泽村、洗釜村、大砂川村和川袋村，天保10年5月24日（1839年7月4日）死去后，由其弟生驹亲道（日语：生駒親道）作为末期养子而继任。
戊辰战争爆发后，生驹亲敬（日语：生駒親敬）最初参加了奥羽列藩同盟，不过后来倒戈至奥羽镇抚总督府（日语：奥羽鎮撫総督府），作为先锋与庄内藩开战，却遭到反击，导致矢岛阵屋失守。明治元年11月20日（1869年1月2日），亲敬获加增至一万五千二百石，矢岛藩再次成立，翌年6月再获赐赏典禄（日语：賞典禄）一千石，分家生驹俊德（生驹甸之助）也获赐五百石，其后废藩置县。
矢岛藩的领地如下，基于相给，领地也有可能同时是皇室领（日语：皇室財産）、公家领（日语：公家領）、幕府领、其他藩领、旗本领或寺社领（日语：寺社領）。
