2009年洪都拉斯军事政变属于宪制危机，洪都拉斯总统塞拉亚计划举行修宪公决投票，建议容许总统连任，但遭反对派、军方及司法部强烈反对。2009年6月28日，塞拉亚于公投举行一小时前，被军方带离总统府，并被驱逐出境，最高法院亦随即宣布罢免塞拉亚。政变发生后，国会议长米凯莱蒂宣誓就任临时总统，随即宣布宵禁及撤换内阁官员。
2006年，塞拉亚当选担任总统，为期四年。
塞拉亚在任初期，有内阁成员涉嫌贪污，结果请辞。国内的暴力活动亦没有被遏止，以致该国成为拉丁美洲死亡率最高的国家之一。他与委内瑞拉结盟、加入促进拉丁美洲和加勒比海地区经贸合作的美洲玻利瓦尔同盟（Alianza Bolivariana para los Pueblos de Nuestra América - Tratado de Comercio de los Pueblos），触发国内保守派和商界不满。
塞拉亚计划于2009年6月28日举行没有约束力的修宪公投，建议总统可以连任，但被反对派、军方及司法部强烈反对，认为塞拉亚借修宪谋求连任，最高法院裁定公投违法，引发洪都拉斯一系列的政治危机。
塞拉亚要求军方负责公投的保安和物流事务，但军方拒绝发放有关公投的资料，并认为公投违宪而且非法。塞拉亚后来罢免军方统帅，但最高法院下令统帅留职。塞拉亚于是发起游行示威，要求从一个空军基地取回公投资料。国会召开紧急会议，企图表决罢免塞拉亚。2009年6月27日，数千名民众于首都特古西加尔巴游行，反对塞拉亚的统治。
最高法院、国会及军方都呼吁民众不要参与公投，认为公投对民众不公平及不安全。
2009年6月28日，修宪公投举行一小时前，熟睡中的塞拉亚被士兵带离总统府，并押解到哥斯达黎加。他在哥国发表讲话，表示被部分军人绑架，又要求美国澄清有否介入是次政变，呼吁民众继续抗争。他未有向哥国寻求政治庇护。
军方将塞拉亚押送出境后，迅速控制官方电视台及电力设施。最高法院发表声明，宣布罢免塞拉亚，并且指出军方拘押及驱逐塞拉亚是获得法院授权，是合法行为。
国会声称收到塞拉亚辞职信，召开紧急会议，表决通过塞拉亚请辞，并宣布议长米切莱蒂将会出任临时总统， 直到11月29日大选选出新总统为止。米切莱蒂宣誓就职，指相信有八成至九成国民满意当局处理手法，并随即宣布重组内阁，并颁宵禁令，于6月28日和6月29日晚上九时至翌日早上六时，实施全国宵禁。
洪都拉斯临时政府不理会国际反应，六名新内阁在首都特古西加尔巴宣誓就职。米切莱蒂宣称，组阁完全符合宪法。
外长罗达斯号召民众示威，抵制军方，数百名士兵包围他的住所。约500名塞拉亚支持者无视宵禁令，上街声援，纵火焚烧轮胎等杂物，用铁板和石块架起路障，摇国旗呐喊，指责军队是“颠覆国家的叛徒”，警员施放催泪气体驱散，有直升机在上空盘旋，现场传出枪声，多名示威者受伤。圣佩德罗苏拉亦爆发游行，数百人在市政厅门前焚烧轮胎，拒绝承认临时政府，呼吁军人离开总统府。工会领袖指，有军队向示威者开枪射击，一人死亡，数十人受伤，另外有多名记者被带走问话。
联合国大会通过谴责洪都拉斯军方政变，要求无条件恢复塞拉亚政府，并要求192个成员国不要承认塞拉亚以外的政权。美洲国家组织向临时政府发出最后通牒，要求三日内恢复塞拉亚的职务，否则会取消洪都拉斯成员国的身份。塞拉亚较早时扬言，会在7月2日回国，美洲国家组织秘书长因苏尔萨及阿根廷总统克里斯蒂娜会陪同他返国。洪都拉斯临时政府声称，塞拉亚如果回国，就会逮捕他。其后，塞拉亚又宣布，等候临时政府答复美洲国家组织的要求，决定延迟至7月4日，联同几个拉丁美洲国家领袖返国，并召集民众于首都特古西加尔巴迎接，并形容临时政府是卖国贼。不过，当地天主教领袖呼吁塞拉亚不要回国，以免触发流血冲突。临时国防部长表示，塞拉亚于2010年1月新总统就职后，才可回国。
临时政府态度强硬，米切莱蒂指除非外国军事介入，否则不会将权力交还塞拉亚，又宣布宵禁令延长至7月3日。议会又通过退出美洲玻利瓦尔同盟（Alianza Bolivariana para los Pueblos de Nuestra América - Tratado de Comercio de los Pueblos）。
7月3日，美洲国家组织秘书长因苏尔萨，于首都特古西加尔巴市郊的空军基地，和最高法院、议会及内政部斡旋失败，洪都拉斯临时政府继续拒绝塞拉亚复职。因苏尔萨表示，准备取消洪都拉斯的成员国身份，但临时政府先发制人，先宣布退出组织。另外，临时总统米切莱蒂发动民众集会，显示国民支持临时政府。
7月5日，临时政府外长奥尔特斯在电台节目中表明，已经下令禁止塞拉亚飞机进入洪都拉斯的机场，约20,000名士兵驻守机场。多个美洲航空的班机因此延误，首都国际机场滞留数百名乘客。塞拉亚联同联合国大会主席布洛克曼及数名大使，离开华盛顿达拉斯机场，乘坐飞机企图抵达首都机场，但临时政府在跑道上摆放军车及士兵，阻止飞机降落。塞拉亚转抵尼加拉瓜马拿瓜，会见总统奥蒂嘉后，再到萨尔瓦多首都圣萨尔瓦多，塞拉亚其后与联合国大会要员、美洲国家组织代表、萨尔瓦多、厄瓜多尔、阿根廷及巴拉圭总统，召开记者会。临时政府随即提前宵禁令，下午六时开始，至翌日早上五时结束，首都国际机场继续关闭。
7月6日，传媒报道，塞拉亚会在7月6日启程到华盛顿，于7月7日会见美国国务卿希拉里。委内瑞拉国营通讯社ABN报道，逾600人在7月5日晚上在宵禁令实施后，折返机场，被临时政府拘留。首都医院表示，在宵禁期间，接收过被军方枪伤的伤者。塞拉亚政府的文化部长Rodolfo Pastor Fasquelle向英国广播公司表示，国家相当分化，塞拉亚支持者及反对者双方，人数都众多，而且拥有武器及资源，认为国家有内战的危机。
7月7日，希拉里与塞拉亚在华盛顿会面。塞拉亚在会上接纳美国的提议：在7月9日，于哥斯达黎加与米凯莱蒂会面，由诺贝尔和平奖得主哥斯达黎加总统阿里亚斯，出任调解人。米凯莱蒂亦接受会面邀请，但强调他会与塞拉亚“对话”，并非“谈判”，期望能平息动荡，他又坚称塞拉亚不能再担任总统。希拉里其后公布，暂缓批出对洪都拉斯的财政援助，包括1600多万美元的军事援助，但人道援助会继续。民航局宣布，关闭首都国际机场至7月10日，并在跑道上摆放一架飞机，阻碍飞机使用。空军则在跑道南方修补围栏。
国际对事件反应普遍负面。
